Nouveau vocabulaire de la biologie

Journal officiel de la République française du 19 septembre 2023

la chimie clic : [biologie - chimie organique] un ensemble de réactions qui permettent de réaliser de manière sélective une liaison forte entre deux espèces chimiques dans des conditions douces, idéalement dans l'eau et à l'air ambiant, sans former de produit secondaire et avec un rendement élevé. La chimie clic permet notamment de réaliser des réactions dans des conditions compatibles avec les milieux biologiques. La réaction entre un alcyne et un azoture organique en présence d'un sel cuivreux est l'exemple type de la chimie clic. La chimie clic, qui permet le couplage entre une molécule non biologique et une biomolécule, est très utilisée en chimiobiologie, à des fins d'analyse. En anglais : click chemistry. Voir aussi : chimiobiologie.

la chimiobiologie ou biologie chimique: [biologie - chimie] la branche de la biologie qui utilise les principes et les techniques de la chimie, en particulier l'emploi de composés de synthèse, pour la compréhension et la manipulation de systèmes biologiques. La chimiobiologie permet, par exemple, d'identifier les récepteurs biologiques de molécules médicamenteuses. En anglais : chemical biology, chemobiology. Voir aussi : biologie de synthèse, chimie clic.

Journal officiel de la République française du 27 juillet 2023

une desmine : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] une protéine fibreuse constitutive des filaments intermédiaires des cellules musculaires lisses et striées des animaux, qui est indispensable à leur contraction. Chez l’être humain, de nombreuses mutations du gène de la desmine perturbent l’assemblage des filaments intermédiaires, ce qui entraîne une agrégation intracellulaire de desmine responsable de certaines myopathies et cardiopathies. En anglais : desmin. Voir aussi : filament intermédiaire. 

l'épigénétique : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] la science qui étudie les changements phénotypiques héritables qui ne sont pas associés à des changements de la séquence du génome. L’épigénétique traite par exemple de l’effet de marques épigénétiques ou d’ARN non codants sur l’expression des gènes.  Les changements phénotypiques étudiés par l’épigénétique sont réversibles. En anglais : epigenetics. Voir aussi : épimutation, marque épigénétique. 

elle, il est épigénétique : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] est relative, est relatif aux changements phénotypiques héritables qui ne sont pas associés à des changements de la séquence du génome. On parle, par exemple, de « régulation épigénétique », de « marque épigénétique », de « mutation épigénétique » ou d’« hérédité épigénétique ». En anglais : epigenetic. Voir aussi : épigénétique (1), épimutation, marque épigénétique. 

une épimutation ou une mutation épigénétique : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] un changement héritable de l’état d’expression des gènes qui s’effectue sans modification de leur séquence et se maintient par l’effet de marques épigénétiques ou d’ARN non codants. L’épimutation peut être aléatoire ou induite par des modifications génétiques, telle l’insertion d’un transposon à proximité du gène, par des changements environnementaux, tel le régime alimentaire, ou, plus généralement, par les conditions de développement des organismes.  L’épimutation peut perdurer ou disparaître après plusieurs générations, indépendamment de la cause qui la provoque. En anglais : epimutation. Voir aussi : marque épigénétique, mutation, paire de bases, transposon. 

une innexine : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] une protéine transmembranaire des invertébrés qui, associée à d’autres protéines de la même famille, forme un pore hydrophile intercellulaire similaire à une jonction communicante. Les innexines sont des homologues fonctionnels des connexines des vertébrés, mais elles n’ont avec elles aucune homologie de séquences. En anglais : innexin (Inx). Voir aussi : connexine, jonction communicante. 

une marque épigénétique ou un marqueur épigénétique : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] un groupement chimique, en particulier méthyle ou acétyle, qui est fixé à l’ADN ou aux histones et qui module la transcription des gènes, notamment en conditionnant le degré de condensation de la chromatine. Le nombre et la position des marques épigénétiques sont des critères déterminants pour réguler l’expression d’un gène donné. En général, une abondance de groupements méthyle et un petit nombre de groupements acétyle entrainent une condensation de la chromatine, ce qui empêche la transcription ; à l’inverse, une abondance de groupements acétyle et un petit nombre de groupements méthyle entraînent une décondensation de la chromatine, ce qui permet la transcription. En anglais : epigenetic mark. Voir aussi : épimutation, histone-désacétylase. 

une protéine de liaison avec les molécules odorantes ou PLMO : [ biologie] une protéine soluble, présente chez les vertébrés et chez certains invertébrés, qui se lie aux molécules odorantes et les transporte jusqu’aux récepteurs olfactifs. Les protéines de liaison avec les molécules odorantes ont été détectées, chez les vertébrés, dans le mucus nasal et, chez les invertébrés, dans la lymphe de certains organes sensoriels des insectes. Il existe plusieurs protéines de liaison avec les molécules odorantes qui, avec les très nombreux récepteurs olfactifs, permettent aux organismes de percevoir et de distinguer les molécules odorantes. En anglais : odorant-binding protein (OBP). 

un récepteur artificiel activé par ligand de synthèse ou RALS : [ biochimie et biologie moléculaire] un récepteur de synthèse conçu pour n’être activé que par un ou par plusieurs ligands synthétiques, qui  permet de contrôler l’activité des cellules qui l’expriment. Les récepteurs artificiels activés par ligand de synthèse sont introduits dans la cellule ou dans l’organisme par transgénèse ou par d’autres technologies moléculaires. Les récepteurs artificiels activés par ligand de synthèse sont essentiellement des récepteurs à protéine G. Les récepteurs artificiels activés par ligand de synthèse sont couramment utilisés dans le cadre de l’étude de l’activité neuronale. En anglais : designer receptor exclusively activated by designer drugs (DREADD). Voir aussi : ligand, récepteur, transgénèse. 

la reconnaissance du soi : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] la propriété fondamentale du système immunitaire des vertébrés qui permet à chaque organisme de distinguer ce qui lui est propre de ce qui lui est étranger. La reconnaissance du soi est déterminée par des glycoprotéines portées par la surface de toutes les cellules. Certains dysfonctionnements de la reconnaissance du soi aboutissent à des maladies auto-immunes. En anglais : self and nonself discrimination. Voir aussi : complexe majeur d’histocompatibilité. 

 Cette liste de termes permet d’aborder trois aspects de l’activité cellulaire.

La communication intercellulaire

Le maillon essentiel de cette communication est le bien nommé connexon : cette structure biomoléculaire composée de six connexines (Cx pour les spécialistes) – des protéines transmembranaires propres aux vertébrés –, est toujours associée à un autre connexon de la cellule adjacente, ce qui forme une jonction communicante (gap junction). Au contraire, la jonction dite étanche (tight junction) constitue, comme son nom l’indique, une barrière imperméable entre les membranes plasmiques de deux cellules.

Les interactions cellulaires

La microglie intervient, au sein du système nerveux central, dans l’élimination des déchets cellulaires comme dans la maturation des réseaux neuronaux. Dans le premier cas, le processus en jeu est celui de la phagocytose : la microglie « avale » (du grec phagos, manger) entièrement une autre cellule (cytos) ou ses débris. Dans le second processus, une cellule incorpore seulement une petite portion de la membrane d’une autre cellule : on parle là de trogocytose, terme dont le préfixe signifie « ronger ».

Les perturbations cellulaires

Si l’oxygène est essentiel à la vie, il génère des produits appelés espèces réactives de l’oxygène qui, dans certaines conditions, peuvent devenir toxiques. Le sigle ROS pour reactive oxygen species étant fréquemment utilisé par les spécialistes, la Commission d’enrichissement propose de le troquer contre l’acronyme français ERO.

L’excès d’ERO peut en effet déclencher une perturbation appelée stress oxydant, susceptible d’accélérer le vieillissement cellulaire ou de favoriser l’apparition de cancers. Il n’est pas recommandé d’utiliser le terme « stress oxydatif », calque inutile – et plus long – de l’anglais oxydative stress.

Mais terminons sur une note plus positive, avec un terme de pharmacologie : un tissu tumoral pourra devenir une cible thérapeutique, c’est-à-dire, comme on le devinera aisément, faire l’objet d’un traitement.

voir : FranceTerme.

Journal officiel de la République française du 5 janvier 2023. 

une cible thérapeutique : [santé et médecine / pharmacologie - toxicologie] un agent pathogène ou structure endogène qui, dans une situation pathologique, fait l'objet d'un traitement thérapeutique chez l'homme ou chez l'animal. Un agent pathogène peut être, par exemple, un virus, une bactérie ou un parasite ; une structure endogène peut être, par exemple, une protéine, un acide nucléique, un organe ou un tissu tumoral. Selon la cible thérapeutique, le traitement peut consister soit à l'éliminer, soit à modifier son fonctionnement afin de limiter sa nocivité. On trouve aussi, dans le langage professionnel, le terme « cible biologique » utilisé dans ce sens. En anglais : biological target, therapeutic target. Voir aussi : pharmacogénomique, pharmacorésistance, pharmacosensibilité. Cette publication annule et remplace celle du terme « cible biologique » au Journal officiel du 18 septembre 2011.

une connexine ou Cx : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] la protéine transmembranaire des vertébrés qui, associée à d'autres protéines de la même famille, forme des connexons. La connexine fait partie d'une famille de protéines. En anglais : connexin (Cx). Voir aussi : connexon, famille de protéines.

un connexon : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] la structure biomoléculaire composée de six connexines, qui constitue un pore hydrophile dans la membrane des cellules de certains tissus des vertébrés. Un connexon est toujours associé à un autre connexon de la cellule adjacente, les deux connexons formant ainsi une jonction communicante. En anglais : connexon. Voir aussi : connexine, jonction communicante.

une espèce réactive de l'oxygène ou ERO : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] chacun des produits de la réduction du dioxygène qui, dans certaines conditions, peuvent devenir toxiques pour la cellule et déclencher un stress oxydant. Les principales espèces réactives de l'oxygène sont l'ion superoxyde, le peroxyde d'hydrogène, le radical hydroxyle et l'oxygène singulet. Il existe une production physiologique d'espèces réactives de l'oxygène dans les mitochondries durant le processus respiratoire. Les espèces réactives de l'oxygène sont produites en grande quantité en contexte inflammatoire par les cellules immunitaires. En anglais : reactive oxygen species (ROS). Voir aussi : stress oxydant.

une jonction communicante : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] un canal formé par deux connexons, qui met en relation les cytoplasmes de cellules voisines et permet des échanges de molécules en solution ou de signaux électriques. Chez les végétaux, les plasmodesmes jouent un rôle similaire à celui de la jonction communicante. En anglais : gap junction. Voir aussi : connexon, jonction étanche, plasmodesme.

une jonction étanche : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] un assemblage de petites protéines transmembranaires présentes chez certains animaux, qui forment une barrière imperméable entre les membranes plasmiques de deux cellules épithéliales adjacentes. La jonction étanche empêche le passage d'eau et de solutés entre les faces externes et internes de l'épithélium.  On trouve aussi, dans le langage professionnel, le terme « jonction serrée ». En anglais : tight junction. Voir aussi : jonction communicante.

une microglie : [biochimie et biologie moléculaire] une population de cellules du système immunitaire inné, spécifiques du système nerveux central, qui interviennent notamment dans l'élimination des déchets cellulaires par phagocytose et dans la maturation des réseaux neuronaux par trogocytose. Les cellules de la microglie, appelées « cellules microgliales », jouent un rôle équivalent à celui des macrophages. Dans des conditions pathologiques, les cellules microgliales peuvent soit déclencher ou amplifier la réaction inflammatoire, soit favoriser la régénération cellulaire. En anglais : microglia. Voir aussi : trogocytose.

un stress oxydant : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] une perturbation déclenchée dans les cellules par un excès d'espèces réactives de l'oxygène, qui peut endommager les molécules organiques, induire des mutations à l'origine de cancers, et accélérer le vieillissement cellulaire. On trouve aussi, dans le langage professionnel, le terme « stress oxydatif », qui n'est pas recommandé. En anglais : oxidative stress. Voir aussi : espèce réactive de l'oxygène.

une trogocytose : [biologie cellulaire - biochimie et biologie moléculaire] le processus par lequel une cellule capture et incorpore une petite portion de membrane appartenant à une autre cellule. Pour les cellules immunitaires, la trogocytose implique un transfert de molécules et peut entraîner l'acquisition de nouvelles fonctions. Pour les cellules neuronales, la trogocytose permet d'éliminer les prolongements et les synapses non fonctionnels. En anglais : trogocytosis.

 Qu’il s’agisse de biologie moléculaire ou végétale, de biochimie, ou encore de génétique, les avancées de la recherche font émerger de nouveaux besoins de désignation mais aussi, parfois, la nécessité de préciser des concepts à la lumière de découvertes récentes. Retrouvez dans ce texte les termes élaborés par les spécialistes des sciences du vivant et publiés au Journal officiel du 9 avril 2022.

Dans le champ de la biologie moléculaire, si le terme d’origine grecque autopoïèse (autopoiesis) évoque la génération du vivant, la locution toxine de Shiga (shiga-like toxin, shigatoxin) nous amène au contraire du côté de sa dégénérescence. Il en va de même avec l’oncoprotéine ou protéine oncogénique (oncoprotein), dont la définition est éclairée par la fiche oncogène, actualisée en 2000.

Ce dernier vocable nous amène à une série de termes relevant de la génétique. Cette discipline et ses techniques évoluant rapidement, certains termes déjà publiés au Journal officiel ont été revus dans le cadre de cette liste. Ainsi, les experts ont précisé la définition du complexe majeur d’histocompatibilité ou CMH (major histocompatibility complex, MHC), découverte pour laquelle le Professeur Jean Dausset a reçu en 1980 le Prix Nobel de médecine, et qui revêt une importance particulière dans les situations de greffes d'organe. La Commission d’enrichissement de la langue française entérine également une nouvelle définition de la réécriture génomique (genome editing, d’où l’appellation édition génomique aussi en usage chez les professionnels), qui utilise souvent des ciseaux moléculaires.

Deux nouveaux termes viennent en outre nommer des formes particulières de réécriture génomique : la réécriture de base (base editing), ou édition de base en langage professionnel, et la réécriture par matrice d’ARN, que la Commission déconseille d'appeler « édition primaire », calque de l’anglais (prime editing), inadéquat pour désigner un processus qui n’est en rien élémentaire ou initial.

À défaut d’être dans les gènes, le savoir terminologique est dans FranceTerme, où vous retrouverez les autres termes de cette liste : osmolyte, protéine de transport d’auxine et régulation autogène.

Journal officiel de la République française du 9 avril 2022.

une autopoïèse : [biologie / biochimie et biologie moléculaire] la propriété qu'ont les organismes vivants de générer eux-mêmes leur organisation structurale et fonctionnelle, en interaction permanente avec leur environnement. En anglais : autopoiesis.

un complexe majeur d'histocompatibilité ou CMH : [biologie / génie génétique] la région du génome des vertébrés regroupant l'information génétique qui code des protéines présentes sur la face externe de la membrane plasmique, responsables de la reconnaissance du soi et permettant la réponse immunitaire. Les protéines codées par le complexe majeur d'histocompatibilité sont spécifiques de chaque individu. Le rejet d'une greffe de tissus ou d'organes est dû notamment à des différences trop importantes entre les complexes majeurs d'histocompatibilité de deux individus. En anglais : major histocompatibility complex (MHC). Voir aussi : apprêtement de l'antigène, présentation de l'antigène. Cette publication annule et remplace celle du Journal officiel du 22 septembre 2000.

une oncoprotéine ou protéine oncogénique : [biologie / biochimie et biologie moléculaire] une protéine codée par un oncogène. En anglais : oncoprotein. Voir aussi : oncogène.

un osmolyte : [biologie / biologie végétale - biochimie et biologie moléculaire] un métabolite qui, en s'accumulant dans une cellule, élève la pression osmotique de celle-ci. Les amines, les polyols et les sucres sont des exemples d'osmolytes. Lorsqu'ils sont présents en grande quantité dans les cellules d'une plante, les osmolytes permettent d'améliorer la tolérance de celle-ci au déficit hydrique et au froid. En anglais : osmolyte.

une protéine de transport d'auxine : [biologie / biologie végétale] une protéine transmembranaire qui, chez les plantes terrestres, assure le flux d'auxine de cellule en cellule. Les protéines de transport d'auxine permettent l'ajustement constant des concentrations locales d'auxine dont dépend le développement du végétal. La perte de fonction du gène codant cette protéine a pour conséquence l'absence de développement des organes de la plante, qui se réduit alors à une longue structure en aiguille. On trouve aussi, dans le langage professionnel, le terme « protéine PIN ». En anglais : PIN-FORMED protein, PIN protein.

une réécriture de base ou une édition de base : [biologie / biochimie et biologie moléculaire - génétique] la réécriture génomique qui consiste à modifier une seule paire de bases d'un site déterminé d'un génome. En anglais : base editing. Voir aussi : paire de bases, réécriture génomique.

une réécriture génomique ou une édition génomique : [biologie / biochimie et biologie moléculaire - génétique] : une modification par ingénierie de la séquence d'un site déterminé d'un génome par addition, suppression ou substitution de nucléotides, qui est effectuée ou initiée par des complexes enzymatiques adressés à ce site. La réécriture génomique utilise souvent des ciseaux moléculaires et peut nécessiter la présence d'une matrice d'ADN ou d'ARN. La réécriture génomique permet de corriger une mutation délétère ou de conférer une propriété nouvelle à une cellule, voire, le cas échéant, à l'organisme qui en est issu. En anglais : genome editing. Voir aussi : ciseaux moléculaires, endodésoxyribonucléase 9, motif de reconnaissance du proto-espaceur, nucléase-effecteur de type activateur de transcription, réécriture de base, réécriture par matrice d'ARN. Cette publication annule et remplace celle du Journal officiel du 28 mars 2018.

une réécriture par matrice d'ARN : [biologie / biochimie et biologie moléculaire - génétique] la réécriture génomique qui consiste à incorporer au génome une séquence d'ADN issue de la transcription inverse in situ d'une matrice d'ARN. On trouve aussi le terme « édition primaire », qui est déconseillé. En anglais : prime editing. Voir aussi : matrice, réécriture génomique.

une régulation autogène ou une autorégulation génique : [biologie / biochimie et biologie moléculaire] tout mécanisme par lequel le produit d'un gène contrôle l'expression de ce même gène. En anglais : autogenous regulation. Voir aussi : régulation négative de la transcription, régulation positive de la transcription. Cette publication annule et remplace celle du terme « autorégulation » au Journal officiel du 22 septembre 2000.

une toxine de Shiga : [biologie / biochimie et biologie moléculaire] une protéine pathogène pour l'homme et pour certains animaux, produite par des entérobactéries du genre Shigella et par certaines souches d'Escherichia coli. Les toxines de Shiga endommagent des cellules des endothéliums des vaisseaux, des reins et de la muqueuse intestinale, entraînant des dysenteries hémorragiques parfois mortelles. On trouve aussi, dans le langage professionnel, le terme « shigatoxine ». En anglais : shiga-like toxin, shigatoxin.