El relato sobre la independencia de los territorios españoles en América se fundamentó en que todo se hacía para devolver sus tierras a los herederos de las civilizaciones precolombinas. Los criollos, españoles nacidos en América, se presentaron así como las voces y guardianes de los indígenas frente al malvado Imperio español, a pesar de que el tiempo demostró lo que Napoleón resumía en su frase «la mayor parte de aquellos que no quieren ser oprimidos, quieren ser opresores». La independencia empeoró, en la mayoría de casos, las condiciones de vida de la población indígena.
Su origen español no fue estorbo para que los líderes criollos ensalzaran a los indígenas como los fundadores de la nacionalidad que debía vertebrar el nuevo mapa de América. Esta actitud conllevó una selección de pasajes de la Historia, de modo que se desdibujó el papel de los criollos como explotadores de los indígenas. No en vano, el primer obstáculo para este desdoblamiento de personalidad fue la actitud clasista de los criollos que, dentro de la estructura social americana, ocupaban un puesto más elevado que el de los indígenas. En consecuencia, muchos libertadores se desataban de elogios a los indios en público para lograr su apoyo, mientras los despreciaban en privado y tomaban medidas para no compartir con ellos el poder.
Nacido en el seno de una familia de ascendencia española de Caracas, el militar Simón Bolívar también pensaba, como hombre de su época, que los indígenas eran seres incapaces de una concepción política. Influenciado por Rousseau y los pensadores de la Ilustración, el criollo creía en el mito del buen salvaje, apacible, solitario, «amigo de todos» y, al mismo tiempo, incapaz de integrarse en la sociedad moderna. En sus cartas los califica de ladrones, ignorantes y embusteros, faltos de principios morales que pudieran guiarlos. Necesitaban así que otros gobernaran y decidieran por ellos.
«Porque ha de saber ud. que los pastusos… son los demonios más demonios que han salido de los infiernos…»
Sin ir más lejos, su familia era dueña de extensas plantaciones de cacao, con indios de encomienda y esclavos negros, a los que nunca dudó en explotar. Durante su campaña en Perú, condenó a los españoles por ser exterminadores de indios y juró por «las cenizas del gran Atahualpa» que le vengaría, si bien apenas pudo disimular su aversión por la población indígena de esta región. «De todos los países, es tal vez Sudamérica el menos apropósito para los gobiernos republicanos, porque su población la forman indios y negros, más ignorantes que la raza vil de los españoles, de la que acabamos de emanciparnos», apuntó en una correspondencia con los británicos cuando ya había concluido la guerra contra los realistas.
Mención aparte para lo habitantes de Pasto, en la actual Colombia, cuya lealtad a la Corona española exacerbó al libertador. Ante las derrotas causadas por guerrilleros indígenas en 1822, Bolívar declaró «la guerra a muerte» a la ciudad de Pasto. Las tropas del general Sucre exterminaron la población el 24 de diciembre de 1822, episodio atroz recordado como la Navidad Negra, en cumplimiento de las órdenes del libertador. En una carta a Francisco de Paula Santander dejó clara su postura:
«Porque ha de saber ud. que los pastusos… son los demonios más demonios que han salido de los infiernos… Los pastusos deben ser aniquilados y sus mujeres e hijos transportados a otra parte, dando aquel país a una colonia militar. De otro modo Colombia se acordará de los pastusos cuando haya el menor alboroto, aun cuando sea de aquí a cien años, porque jamás se olvidarán de nuestros estragos, aunque demasiados merecidos».
La doble moral de Bolívar hacia los indios se tradujo en la Constitución de Angostura (1819), donde se concedía el voto solo a los individuos alfabetizados con cierto nivel de recursos económicos: lo que significaba en la práctica que se excluía a la población indígena de la actividad política. Como contrapartida, Simón Bolívar se cuidó de ganarse el apoyo de los indios con la firma de decretos destinados a otorgar la propiedad de la tierra en distintas regiones. Claro que, como buen latifundista, el libertador hizo poco por conocer las necesidades reales de los campesinos indígenas y evitar que los indios quedaran desprotegidos.
En un decreto firmado el 8 de abril de 1824, se declaró que los indígenas de Perú podían vender de cualquier modo las tierras que poseían y se fraccionaron las tierras comunales con este fin, al mismo tiempo que se restableció el tributo indígena suprimido por José de San Martín años antes. «Los pobres indígenas se hallan en un estado de abatimiento verdaderamente lamentable. Yo pienso hacerles todo el bien posible: primero, por el bien de la humanidad, y segundo, porque tienen derecho a ello, y últimamente, porque hacer bien no cuesta nada y vale mucho», dejó escrito Bolívar, en junio de 1825, sin apreciar el daño que iban a causar sus medidas.
La estrategia de la zanahoria y el palo desembocó en la pérdida masiva de tierras y en una dependencia económica plena hacia los terratenientes. John Lynch, de la Universidad de Yale, concluye en su biografía dedicada a Bolívar que los decretos indios del libertador «tuvieron un alcance limitado y una intención equivocada», haciendo que los indios fueran más vulnerables. «Darles tierras sin capital, herramientas o protecció, era invitarlos a endeudarse con los terratenientes más poderosos, a entregar sus tierras como medio de pago y a terminar en la servidumbre por deudas».
En este sentido, el historiador británico sostiene que «los liberales de la posindependencia consideraban que los indígenas eran un obstáculo para el desarrollo nacional y creían que la autonomía que habían heredado del régimen colonial debía terminar mediante su integración a la nación. En Colombia y Perú, los nuevos legisladores trataron de destruir las personas jurídicas con el fin de liberar las tierras indígenas y movilizar la mano de obra indígena».