יחידת "אגוז" הוקמה בינואר 1995 על בסיס צוות מסלול מיחידת עורב צנחנים, כחלק מחטיבת גולני ונקראה בשמה של סיירת אגוז, שפעלה בפיקוד הצפון עד 1974. יוזמי הקמת היחידה היו הרמטכ"ל אמנון ליפקין־שחק ואלוף פיקוד הצפון עמירם לוין שרצו להביא למהפך במלחמה בחזבאללה, באמצעות תורת לחימה ושיטות לחימה חדשות. היחידה סופחה לחטיבת גולני בשל טענת מפקד החטיבה דאז, משה קפלינסקי, כי ליחידה החדשה נדרשת תמיכה, חניכה וליווי כמו גם סיוע אג"מי ולוגיסטי מצד גוף מנוסה, הבקי בלחימה בלבנון ולמוד ניסיון מבצעי[3]. אגוז הוקמה כיחידה ללחימת גרילה נגד ארגון חזבאללה ברצועת הביטחון שבדרום לבנון[4]. למפקדה הראשון מונה ארז צוקרמן, יוצא שייטת 13[5], אשר הוביל את לוחמי היחידה ברוב פעולותיה הראשונות[6]. בתקופה זו נרשמו לזכות היחידה הישגים רבים, במסגרת היתקלויות בחוליות חזבאללה בתוך ומחוץ לרצועת הביטחון. כבר במבצע הראשון שביצעה היחידה, שישה חודשים בלבד לאחר הקמתה, הצליח כוח מהיחידה לחסל שני מחבלים, ליד מוצב חולה. על תקופת שירותו ביחידת אגוז עוטר צוקרמן בצל"ש אלוף פיקוד הצפון, עמירם לוין[7].
ב־1997 קיבל את הפיקוד על יחידת אגוז סא"ל משה (צ'יקו) תמיר, איש חטיבת גולני. תקופתו באגוז התאפיינה בלחימה נחושה נגד חזבאללה. בין המבצעים הבולטים בתקופת פיקודו על היחידה היה מבצע נוף פראי, בספטמבר 1997, בו הרגו לוחמי היחידה בקרב את האדי, בנו של מזכ"ל חזבאללה, חסן נסראללה[8]. גופתו, ביחד עם גופות לוחמי חזבאללה אחרות, הוחזרה ללבנון בתמורה לחלקי גופתו של לוחם שייטת 13 איתמר אליה, שנהרג באסון השייטת[9]. מבצע בולט אחר היה מבצע "מהלך מבריק" בו הוביל תמיר כוח לוחמים מהיחידה במבצע בלבנון[10] כנגד חולית אבטחה של חזבאללה בכפר ע'נדוריה. במבצע נהרגו כשמונה מחבלים[11]. מבצע בולט נוסף באותה עת היה מבצע "תיק פלילי" כנגד עמדות חזבאללה בהר דב[12]. על תקופת שירותו ביחידת אגוז עוטר תמיר בצל"ש אלוף פיקוד הצפון[13].
לאחר המלחמה ביצעה היחידה שורה של מבצעים התקפיים בתוך רצועת עזה, ביחד עם חטיבות גבעתי וגולני. באחד המבצעים, בינואר 2008, הרגו כוחות מהיחידה בסיוע שריון וחיל האוויר 18 מחבלים, בהם בנו של בכיר חמאס מחמוד א־זהאר[17]. בשנת 2014, במהלך מבצע צוק איתן, הרגו לוחמי היחידה כ־50 מחבלים בלחימה בשכונת שג'אעיה. ביום ה־14 למבצע נפצע קשה מפקד היחידה, סא"ל יונתן רום, כתוצאה מפגיעת טיל נ"ט[18]. את מקומו תפס מפקדה הקודם של היחידה, פיני יוסף, שהוביל אותה בלחימה ברצועת עזה[19].
" אם הלמות שפכו לאגר, מה זה אומר עלינו בעצם?"
מערכת אתר צה"ל | 10.04.2018
מפקד יחידת אגוז בעוצבת הקומנדו, סא"ל רועי לוי, נבחר היום על ידי הרמטכ"ל, רא"ל גדי איזנקוט, להדליק את משואת צה"ל ביום העצמאות ה-70 למדינת ישראל ביחד עם אלוף (בדימוס) ישעיהו (שייקה) גביש, מפקד פיקוד הדרום במלחמת ששת הימים.
"אני גאה לפקד על יחידת 'אגוז', יחידת קומנדו אשר מבצעת פעילויות מבצעיות מיוחדות ומוכנה ללחימה בכלל הגזרות", אמר מפקד יחידת אגוז, סא"ל רועי לוי. "הפיקוד והאנשים עומדים לנגד עיניי תמיד. אני מודה על הזכות שניתנה להדליק משואה ביום העצמאות השבעים למדינת ישראל. שירות המדינה והשירות הצבאי הם דרך חיים עבורי".
סא"ל לוי, קצין, לוחם ומפקד עטור ניסיון, לחם כמפקד מחלקה בגולני במבצע חומת מגן, פיקד על סיירת גולני במבצע "עופרת יצוקה" ונפצע בהיתקלות בתת-קרקע באורח אנוש במערכת "צוק איתן" עת שירת כמפקד גדוד הסיור של חטיבת גולני. כמו במשימותיו בשדה הקרב כך גם בקרב על חייו ניצח והוכיח כי רוח הלחימה בו חזקה יותר מכל פציעה וחזר לשרת בתפקידי פיקוד ולחימה. סא"ל רועי לוי רואה בשירות הצבאי זכות גדולה ולוחמיו הם מקור השראתו.
הרמטכ"ל העביר את החלטתו ליושבת ראש ועדת השרים לסמלים וטקסים, השרה מירי רגב, שבירכה על הבחירה הראויה בקצין שמייצג בפועלו את רוח צה"ל וערכיו.