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Johnson asumió el cargo de Presidente, después del asesinato de John F. Kennedy el 22 de noviembre de 1963, en el avión que trasladaba los restos de este desde Dallas.

Aprobó la Ley de Derechos Civiles de 1964, que prohibió la discriminación racial en establecimientos públicos y en cualquier negocio o institución que recibiera fondos federales. Una vez que la Ley se puso en práctica, sus efectos fueron de largo alcance y tuvo una enorme repercusión a largo plazo en todo el país. Se prohibió la discriminación en los centros públicos, en el gobierno, y en el empleo, invalidando las leyes de Jim Crow en el sur de Estados Unidos. Se tornó ilegal obligar a la segregación de las razas en las escuelas, la vivienda, o en contratación de empleados.

En 1965, se logró la aprobación de un segundo proyecto de ley de los derechos civiles llamada la Ley de derecho al voto, que prohibió la discriminación en el voto, permitiendo así a millones de negros del sur votar por primera vez en varios estados, "siete de los once estados del sur de la antigua confederación" (Alabama, Carolina del Sur, Carolina del Norte, Georgia, Louisiana, Mississippi, Virginia). En 1967, Johnson nominó al abogado de derechos civiles Thurgood Marshall para ser el primer afroamericano Juez Asociado del Tribunal Supremo. Para dirigir el nuevo Departamento de Vivienda y Desarrollo Urbano, Johnson designó a Robert C. Weaver, el primer secretario del gabinete afroamericano en cualquier administración presidencial en Estados Unidos.

Johnson tomó como propia la lucha contra la pobreza y por la educación pública en Texas; creía con fervor que la educación era una cura para la ignorancia y la pobreza, y era un componente esencial del sueño americano, especialmente para las minorías que soportaban las malas instalaciones y presupuestos bajos por parte de las administraciones locales, en especial en el Sur profundo. Hizo de la educación la máxima prioridad de la agenda social, con un énfasis en ayudar a los niños pobres, lanzando como objetivo duplicar el gasto federal en educación desde 4 mil millones a 8 mil millones.​

Johnson fue elegido para un nuevo período presidencial el 3 de noviembre de 1964, ganando las elecciones con un 61.1 % de los votos populares contra apenas un 38.5 % que obtuvo su rival republicano Barry Goldwater.

Alentado por su gran victoria electoral, Johnson envió al Congreso muchos programas sociales que fueron aprobados por este: ayuda federal para la educación, las artes y las humanidades; seguro de salud para los ancianos (Medicare) y para los pobres (Medicaid); viviendas de bajo coste y renovación urbana. La Ley de Derecho al Voto de 1965 que permitió a los afroamericanos estadounidenses acudir a las urnas. La discriminación hacia la inmigración también llegó a su fin: se abolieron las cuotas por origen nacional, lo que permitió un gran aumento en el número de visados de inmigración para países extraeuropeos (véase: Ley de Inmigración y Nacionalidad de 1965).

Aunque para entonces la mayoría de los estadounidenses había alcanzado la prosperidad, el libro de Michael Harrington, La otra América, de 1962, identificó la persistente pobreza: en los barrios bajos urbanos, en la mayoría de los vecindarios de negros y entre los blancos pobres de las montañas Apalaches orientales. El presidente Johnson respondió con su programa Guerra contra la Pobreza, que incluía educación preescolar especial para los niños pobres, capacitación vocacional para quienes habían abandonado la escuela y empleos de servicio comunitario para los jóvenes de los barrios bajos.​

Con todos estos programas, el objetivo de Johnson era construir una «Gran Sociedad» (Great Society): una nación donde la igualdad de oportunidades y una alta calidad de vida fueran el patrimonio de todos.​ Aunque en 1965 había muchas razones para sentirse optimista acerca del futuro de la nación, ya que la pobreza iba en descenso y los estadounidenses gozaban de una mayor prosperidad y mejor educación que en cualquier otro período anterior de su historia. El 22 de octubre de 1968, Lyndon Johnson firmó la Ley de Control de Armas de 1968, uno de los más grandes y de mayor alcance leyes de control de armas federal en la historia estadounidense. Gran parte de la motivación para esta gran expansión de las regulaciones federales de armas se produjo como respuesta a los asesinatos de John F. Kennedy, Robert F. Kennedy, Martin Luther King Jr y Malcolm X. Durante la administración de Johnson, la NASA llevó a cabo el programa espacial tripulado Gemini, desarrolló el cohete Saturno V y su base de lanzamiento, y se preparó para hacer los primeros viajes tripulados del programa Apolo.​

En 1964, a petición de Johnson, el Congreso aprobó la Ley de Ingresos de 1964 y la Ley de Oportunidad Económica, como parte de la guerra contra la pobreza. Johnson estableció en la normativa de movimiento la creación de programas como Head Start, cupones de alimentos y de trabajo y estudio. Durante los años de Johnson en la presidencia, la pobreza nacional se redujo de manera significativa entre los estadounidenses que vivían por debajo del umbral de la pobreza, al pasar de un 23 por ciento a menos del 12 por ciento.

Hubo dos hechos que provocaron que no se presentara a la reelección en 1968: el movimiento por los derechos civiles en Estados Unidos de la población negra y, el más importante, la Guerra de Vietnam.

Tras su retirada, publicó en 1971 sus memorias, que fueron un fracaso editorial.

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Nombre de nacimiento

Lyndon Baines Johnson