De acuerdo con Perfecto, el paisaje está compuesto por dos elementos: áreas de conservación (o hábitats naturales) y la matriz en donde se encuentran inmersas estas áreas. Las áreas de conservación pueden dividirse en comunidades forestales, reservas biológicas, refugios para la biodiversidad, etc., y la matriz puede dividirse en sistemas de cultivo anuales, pasturas, sistemas agroforestales, etc. Si las áreas de conservación llegan a quedar aisladas una de otras se habla de una matriz de baja calidad, y las extinciones locales llegarán a dominar el paisaje, y eventualmente llegarán a convertirse en extinciones regionales. La matriz agroecológica debe ser amistosa con la naturaleza, para facilitar el tránsito de las especies entre las áreas de conservación, y así, promover un balance entre extinciones locales y migración en las áreas de conservación. Se habla de que una matriz agroecológica es amistosa con la naturaleza cuando las prácticas de producción realizadas en ella no se realizan bajo el modelo de producción hegemónico, sino con prácticas de producción alternativas y respetuosas de la naturaleza tales como el manejo integrado de plagas, compostaje de los residuos agrícolas, cultivos para conservar el suelo, etc. La matriz está compuesta por una colección de hábitats de varias calidades, y la calidad de la matriz es efectivamente la suma o el promedio de las calidades de estos hábitats dentro de ella. Así, las calidades de cada tipo de hábitat se combinan para hacer una matriz que promueva o que impida la migración de las especies (Perfecto).