Un ecosistema es la suma de la comunidad de especies más su ambiente físico. En los ecosistemas sin intromisión humana, los diversos elementos hacen o experimentan acciones de varios tipos y tienen interacciones entre sí, ya sean complementarias o antagónicas, que provocan que existan ciclos naturales de nutrientes y dinámicas diversas entre los componentes. Un agroecosistema implica que el ser humano es una parte de las especies que viven en él y que dirige, modifica o sustituye algunos de los procesos que se llevan a cabo dentro del mismo, con el fin de obtener ciertos productos o servicios resultado de esta intervención tales como: colectar alimentos, prevenir la invasión de plagas, alimentar animales domésticos, conseguir materiales para construcción, entre otros. La lógica agroecosistémica implica considerar al ser humano como una parte de los ecosistemas naturales más que como un dirigente; un actor que puede encauzar las dinámicas dentro del ecosistema para conseguir sus objetivos de una forma que preserve la biodiversidad y que aproveche su inercia natural, en lugar de simplificar el ecosistema y sustituir las funciones de éste por aquellas creadas artificialmente. Los lógica agroecosistémica implica por lo tanto un aprovechamiento sustentable de los recursos naturales. Los agroecosistemas surgen naturalmente dentro de la tierra, resultado de la evolución del hombre dentro de los diversos ambientes de ésta, y sólo se ven alterados substancialmente en la actualidad debido al desarrollo de complejas redes de intercambios materiales y tecnologías como máquinas de trabajo, fertilizantes y herbicidas, que provocan cambios en el número, velocidad y eficiencia de los procesos naturales, con gran frecuencia perniciosos debido a su uso masivo e indiscriminado. Esto ha provocado que muchas de las dinámicas naturales desaparezcan o disminuyan, aumentando la incidencia de especies nocivas, acumulación de ciertos elementos, la erosión del suelo, entre otros efectos negativos.