『ロックマンX』の出来事から続くもう一つの時間軸を舞台にした本作では、シグマが勝利し、エックスは倒れ、人類は絶滅の危機に瀕していた。すべての希望が失われたかに見えたその時、ケイン博士は最後の切り札――プロジェクト・リジェネシス――を発表する。歴史を書き換える最後のチャンスを与えられたエックスは、再び立ち上がり、残された人類を救うために戦わなければならない。