Головними проблемами ЄДП, на вирішення яких націлений другий пріоритет, є:

Низька сумісність і взаємодія національних дослідницьких програм

Недостатність потенціалу та дублювання за основними напрямами досліджень

Недостатнє фінансування інновацій за рамками досліджень

Різні фінансові можливості країн інвестувати в дослідницьку інфраструктуру

Доступ до дослідницької інфраструктури визначається на основі національних преференцій

Головними заходами, що пропонуються ЄК для вирішення цих проблем є наступні:

Впровадження спільних планів дослідження. Вдосконалення умов платформи для JPI та іншого міждержавного співробітництва при проведені досліджень.

Спільне визнання процедур оцінювання, які узгоджені з міжнародними стандартами проведення експертизи. Усунення законодавчих та інших бар’єрів, для забезпечення реалізації практик оцінювання, які узгоджені з міжнародними стандартами експертизи

Запровадження принципів спільного фінансування, щоб зробити національні дослідницькі програми сумісними, інтероперабельними між державами та простими для участі дослідників.

Активніше використовувати інші інструменти і платформи для між державної кооперації (ERA-NET, COST). Підтримка національними фінансовими організаціями міжнародну кооперацію.

Виконання фінансових зобов’язань для побудови та операційної діяльності дослідницьких інфраструктур ESFRI, національних, регіональних дослідницьких інфраструктур пан-європейського інтересу. Резервування бюджету для підготовки, розвитку та підтримки проектів дорожньої карти ESFRI.

Забезпечення доступу до дослідницьких інфраструктур пан-європейського інтересу. Зняття законодавчих, технічних та інших бар’єрів між державного доступу до дослідницьких інфраструктур.