В документі Директорату ЄК з досліджень та інновацій представлені головні проблеми ЄДП за першим пріоритетом та рекомендовані заходи країн ЄС за допомогою яких розраховують забезпечити узгодження позицій для синергії зусиль у цьому напряму. Головні проблеми сформульовані наступним чином:

• Обмежені державні ресурси для науково-технічних досліджень та розробок.

• Недостатня конкуренція в національних дослідницьких системах

• Значна різниця в частці конкурентно-спрямованого фінансування в ЄС

• Недостатнє інституційне фінансування на основі критеріїв ефективності

• Сильне перекриття напрямів досліджень в RFO та RPO організаціях, немає спеціалізації.

Головними заходами для вирішення цих проблем ЄК вважає :

• стратегію розвитку досліджень,

• принципи їх фінансування,

• способи впровадження конкуренції та системи їх оцінювання,

• стратегію розумної спеціалізації на національному рівні та в ЄДП.

Останній пункт став важливим з 2014 року, коли наявність Стратегії розумної спеціалізації стала головною умовою розгляду запитів на підтримку від Європейських структурних фондів. Асоційовані країни не мають доступу до структурних фондів, але це не зменшує її важливості для кожної країни. Рекомендації подання на деякі конкурси Програми Горизонт 2020 пропонують узгодити свій проект з наявною в країні такої Стратегії.