Ще заснував інститут військового духовенства і висловив стурбованість випадками порушення прав віруючих
27 жовтня 2015 у київському Свято-Пантелеймонівському монастирі Феофанії, де знаходиться одна з резиденцій глави УПЦ МП, пройшло чергове засідання Священного Синоду УПЦ МП. Серед рішень Синоду - заснування інституту військового духовенства, зняття церковних заборон з лідера "політичного православ'я" Валентина Лукіяника, призначення нових єпископів, поводження з оцінкою сучасного стану державно-церковних відносин в Україні, повідомляє "Релігія в Україні" з посиланням на сайт УПЦ.
Крім того, Синод благословив святкування особливого дня пам'яті Собору всіх святих воїнів. Літургійне святкування Собору всіх святих воїнів відбуватиметься щорічно в Тиждень після свята Воздвиження Хреста Господнього.
Синод за поданням єпархіальних архієреїв призначив нових єпископів УПЦ. Єпископом Новосанжарського, вікарієм Полтавської єпархії, судилося бути архімандриту Веніаміну (Погрібному), клірику Полтавської єпархії. Єпископом Болградським, вікарієм Одеської єпархії, судилося бути архімандриту Сергію (Михайленко), клірику Одеської єпархії.
Іншим рішенням Синод повернув до церковного спілкування Лукіяника Валентина Борисовича, "з огляду на щире публічне покаяння" цього церковно-політичного діяча. 28 червня 2011 рішенням Синоду діяльність В.Б. Лукіяника була визнана "антицерковною, деструктивною і такою, що вносить смуту в церковне і суспільне життя", за що Лукіяник був відлучений від Церкви. Заслухавши інформацію митрополита Онуфрія про покаянний лист Валентина Лукіяника на ім'я Предстоятеля УПЦ, члени Синоду ухвалили рішення зняти церковні заборони з цього діяча.
В даний час Валентин Лукіяник продовжує залишатися одним з лідерів "політичного православ'я" в Україні, очолюючи політизовану організацію Союз православних братств України. Нещодавно він увійшов до об'єднання суспільно-політичних сил «Ліва опозиція». Примітно, що задовго до зняття заборон з Валентина Лукіяника, новий глава УПЦ МП митрополит Онуфрій, не засмучуючись церковним відлученням активіста, дав йому (у листопаді 2014) благословення на проведення ходи Союзу православних братств України.
Окремим рішенням Синод оприлюднив до вірних чад Української Православної Церкви звернення, в якому дав оцінку сучасному стану державно-церковних відносин в Україні. Перераховуючи досягнення держави в області подолання тоталітарних наслідків радянського часу, Синод одночасно звернув увагу на окремі випадки порушення законодавства проти релігійних громад УПЦ.
«Зокрема, останнім часом мали місце чергові спроби захоплення храмів Української Православної Церкви, випадки насильства проти віруючих, а іноді і замаху на їхнє життя. Вкотре з жалем констатуємо, що деякі місцеві органи влади допускають порушення чинного національного законодавства, а правоохоронні органи не завжди стають на захист законних прав релігійних громад, духовенства та вірних Української Православної Церкви. Все це не тільки перешкоджає реалізації конституційного права громадян України на вільне сповідування своєї віри, але і провокує соціальну напруженість в нашій державі. У той час, коли на Донбасі триває вкрай складний мирний процес, ми фактично стикаємося з небезпекою дестабілізації суспільної ситуації в інших регіонах України », - наголошується в документі.
На засіданні Синоду були присутні Предстоятель УПЦ митрополит Київський і всієї України Онуфрій; митрополит Одеський і Ізмаїльський Агафангел, митрополит Сімферопольський і Кримський Лазар, митрополит Хустський і Виноградівський Марк, митрополит Донецький і Маріупольський Іларіон, митрополит Кам'янець-Подільський і Городоцький Феодор, намісник Свято-Успенської Києво-Печерської лаври митрополит Вишгородський і Чорнобильський Павел, митрополит Луганський і Алчевський Митрофан, секретар Священного Синоду УПЦ, керуючий справами УПЦ митрополит Бориспільський і Броварський Антоній, а також тимчасові члени Синоду митрополит Полтавський і Миргород кий Філіп; архієпископ Запорізький і Мелітопольський Лука; архієпископ Сєверодонецький і Старобільський Никодим.