Mikroorganismen sind dem Menschen erst seit etwas mehr als 200 Jahren bekannt. Seitdem hat man realisiert welche bedeutende Rolle sie im Naturganzen spielen. Noch heute sollen Bakterien (sogenannte Blaualgen) z.B. 50 % des Sauerstoffs unserer Atmosphäre freisetzen.
Mikroskopische Blicke in die Bakterienwelt gewann zum ersten Mal A. van Leeuwenhoek. Er konnte die Kleinstlebewesen fast überall entdecken und war davon völlig fasziniert. Allerdings konnte er bei den Bakterien keine inneren Strukturen sehen. Das gelang erst mit der Entwicklung des Elektronenmikroskops ab 1931.
Bakterienzuchtplatten entwickelten die Forscher um R. Koch im ausgehenden 19. Jahrhundert, Die Auseinandersetzung mit Bakterien war von der Medizin geprägt. Sie fokusierte auf Krankheitserreger und führte zur Entwicklung hygienischer Massnahmen.
Die RNA Analyse entstand etwa ab 1980. Sie offenbarte die umfassende Verbreitung und Bedeutung der Bakterien und Archaen. Man konnte nun mikroorganismen nachweisen, auch wenn man sie nicht sehen oder kultivieren konnte. Es wurde deutlich, dass mit den ersten beiden Methoden nur die Spitze des Eisbergs der Mikroorganismen beschrieben werden konnte. Die meisten Mikroorganismen lassen sich nicht im Labor züchten oder im Mikroskop erkennen. Allmählich wird nun die umfassende Bedeutung der Bakterien (Archaeen, Pilzen und Viren) für die höheren Lebewesen deutlich.
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