غادر بديع أبو الجبين قطاع غزة عام 1963 متوجهاً إلى بغداد، من أجل الالتحاق بالكلية العسكرية، لكن انقلاب عبد السلام عارف على البعثيين في ذلك العام حال دون تحقيق رغبته، فعمل معلماً في مدرسة حمام العليل قرب مدينة الموصل شمال العراق، وهناك مارس نشاطه الحزبي، ليعود إلى بغداد بعد أن تسلم الحزب السلطة عام 1968، وفي عام 1969 تم تعيينه عضواً في مكتب جبهة التحرير العربية، وانتخابه أيضاً نائباً لرئيس الاتحاد العام للمعلمين الفلسطينيين، وشارك في عدد من مؤتمرات الاتحاد العام للمعلمين العرب، الأمر الذي تطلب وجوده في دمشق منذ عام 1972، غير أنه اعتقل هناك عام 1975، فعاد بعد الافراج عنه إلى بغداد.