En torno a 1573, los japoneses comenzaron a intercambiar oro por plata en la isla filipina de Luzón, especialmente en las actuales provincias de Cagayán, Gran Manila y Pangasinán (concretamente la zona de Lingayén).​ En 1580, sin embargo, un corsario japonés forzó a los nativos de Cagayán a prestarle fidelidad y sumisión.​

Los primeros asentamientos japoneses en Filipinas habían sido realizados por los wakō, unos piratas muy activos en las costas de China desde el inicio de la Dinastía Ming (1368-1644). Su actuación se intensificó de nuevo en el siglo XVI alcanzando también las Islas Filipinas. Aunque para entonces bajo el nombre de wokou se incluía también a los piratas chinos,​ las incursiones de piratas japoneses eran muy frecuentes en las islas españolas que tenían fama en Japón de ser ricas en oro.​

La actividad de los corsarios --o piratas-- japoneses se había convertido en algo normal. Además de los avisos de preparativos navales, los hispanos observaron cómo al año siguiente de un buen botín se podía esperar mayor número de naves corsarias; en diversas ocasiones, sobre todo en informaciones de los años de gobierno de Gómez Pérez Dasmariñas, se hizo notar que las islas españolas tenían fama de ricas en oro en Japón.

Emilio Sola HISTORIA DE UN DESENCUENTRO.España y Japón, 1580-1614.

El gobernador general Gonzalo Ronquillo de Peñalosa escribió a Felipe II el 16 de junio de 1582:

Los japoneses son la gente más belicosa que hay por aquí. Traen artillería y mucha arcabucería y piquería. Usan armas defensivas de hierro para el cuerpo. Todo lo cual lo tienen por industria de portugueses, que se lo han mostrado para daño de sus ánimas.

Carta de Gonzalo Ronquillo de Peñalosa gobernador de Filipinas al rey, del 16 de junio de 1582 (Archivo General de Indias, FILIPINAS,6,R.4,N.49)

Se encargó enmendar la situación a Juan Pablo de Carrión, capitán de la Armada, que poseía una honda experiencia militar en las Filipinas y el mar de la China.​

La primera acción se llevó a cabo en el mar de la China Meridional, donde Carrión avistó un buque de guerra japonés y, valiéndose de la superioridad técnica de su propio navío, de construcción occidental, lo cañoneó con facilidad hasta obligarlo a retirarse.​

Un tiempo después, la respuesta pirata llegó a través del cabecilla Tay Fusa, también referido como Tayfusu o Tayfuzu, que reunió una flota de 18 champanes y navegó rumbo al archipiélago filipino.​ Para contrarrestarlo, el capitán Carrión alistó a 40 soldados españoles bien armados​ y compuso una flota de siete embarcaciones de guerra: cinco bajeles pequeños de apoyo, un navío ligero (el San Yusepe) y una galera (la Capitana), con sus respectivas tripulaciones.

Primer choque

Al pasar por el cabo de la isla, la flota avistó un junco japonés que acababa de arrasar la costa y que había tratado con extrema dureza a los habitantes.​ La galera Capitana se adelantó entonces para interceptarlo, a pesar de que el barco japonés era de mayor tamaño y cargaba más combatientes.​ Tras alcanzar al junco, la Capitana lanzó unas ráfagas de artillería que causaron los primeros muertos y heridos, y a continuación se enganchó al barco japonés para iniciar un abordaje, encabezado éste personalmente por el propio Carrión.​ Sin embargo, debido a que los piratas eran superiores en número y contaban no sólo con sus katanas, sino también con sus propios arcabuces provistos por los portugueses, los abordados consiguieron detener el avance de los españoles y repeler el asalto. La situación se torció hasta el punto de que los españoles debieron retroceder y la contienda se desplazó gradualmente a la propia cubierta de la galera.​

A fin de recuperar la iniciativa, como si combatieran en un campo de batalla de Flandes los soldados de Carrión establecieron una posición defensiva en la popa y formaron una barrera, con los piqueros delante y arcabuceros y mosqueteros detrás.​ Carrión cortó entonces la driza de la verga mayor, que cayó atravesada sobre el combés, creando una trinchera adicional tras la que parapetarse.​ Les ayudó en este propósito no sólo su formación y su maestría con las armas de fuego, sino también la mayor robustez de sus armaduras en comparación con sus homólogos nipones.​ De cualquier modo, esta posición les sirvió finalmente para restablecer las fuerzas y recuperar el terreno mediante descargas de arcabucería y cargas cuerpo a cuerpo, volviendo a hacer recular a los piratas en dirección al junco.​

Coincidiendo con este contraataque llegó el San Yusepe, que disparó contra el barco japonés y acabó con los tiradores que aún hostigaban a la Capitana. Al comprender que la batalla estaba perdida, los japoneses abandonaron los navíos y saltaron al agua para intentar llegar a nado a la costa,​ con el resultado de que muchos se ahogaron por culpa de sus armaduras, que no por ser más ligeras eran menos farragosas para nadar.​

Batalla en el Tajo

Una vez recompuesta, la flotilla española continuó por el río Tajo (nombre del río Grande de Cagayán) y se encontró con la flota de 18 champanes de Tay Fusa. Los dos contingentes combatieron a distancia durante horas, hasta que los cañones occidentales, más potentes y mejor manejados, permitieron a sus dueños imponerse.​ Cerca de 200 japoneses resultaron muertos o heridos en el intercambio.​ Los españoles desembarcaron en un recodo del río para tomar posiciones cerca de donde estaba el grueso de las fuerzas enemigas, construyendo una trinchera y colocando en ellas los cañones de la galera, con los que continuaron haciendo fuego.​

Viéndose superados estratégicamente, los wokou decidieron negociar una rendición, pero Carrión se negó y les ordenó marcharse de Luzón. Los piratas respondieron entonces pidiendo una indemnización en oro por las pérdidas que sufrirían si se marchaban, a lo que siguió una nueva y rotunda negativa de Carrión. Rotas las negociaciones, los japoneses decidieron atacar las posiciones terrestres españolas con 600 soldados, amparándose en su enorme superioridad numérica frente a los 40 defensores, pero la trinchera aguantó sus dos primeros asaltos.​ Los japoneses recurrían a la táctica de asir las astas de las picas para abrirse camino o hacerse con ellas, por lo que los piqueros y alabarderos españoles optaron por untar sebo en la madera durante la pausa entre las escaramuzas, a fin de que resbalaran y fueran más difíciles de agarrar.​

A estos asaltos los siguió un tercero, más desesperado y ya con las reservas de pólvora de ambos bandos agotadas, en el que se luchó cuerpo a cuerpo en las mismas fortificaciones, pero el resultado volvió a ser la victoria española. Aunque los españoles habían perdido ya a 10 de sus 40 de sus soldados, las bajas japonesas a estas alturas eran mucho mayores, con lo que éstos desistieron del ataque y emprendieron la retirada final.​ Los defensores salieron en su persecución y abatieron a muchos japoneses, pero otros tantos consiguieron salvarse gracias a que el menor peso de sus armaduras les permitía correr más rápido.​ Los españoles se hicieron con las armas japonesas que habían quedado sobre el campo de batalla como trofeo, lo que incluía katanas y hermosas armaduras.​

Consecuencias

Pacificada la región, y ya con refuerzos, Carrión fundó en la zona la ciudad de Nueva Segovia (hoy Lal-lo). Pese a ello, persistió la presencia de actividad pirata, aunque de manera residual y comercial, en la bahía de Lingayén. Esta actividad especialmente consistía en el comercio de piel de ciervo.

Pese al establecimiento de unas relaciones comerciales pacíficas en 1590,​ el por entonces kampaku Toyotomi Hideyoshi demandó en numerosas ocasiones que las Filipinas se rindiesen a la suzeranía de los japoneses, pero sin éxito.

El conflicto demostró la superioridad de las tácticas de combate españolas sobre las japonesas, mejor ilustrado por las espadas europeas de acero toledano, que probaron ser más útiles que las katanas en las numerosas escaramuzas.​ Esto dio como resultado que las armaduras japonesas fueran perfeccionadas al estilo europeo, añadiéndoles petos metálicos.