2014-7-5 備忘録 MrBayes3.2のパラレル化

Post date: Jul 5, 2014 3:14:58 PM

MrBayes3.2のパラレル化

http://mrbayes.sourceforge.net/index.php

添付のReadMe-Mac.rtfを見ながら．．．

Mac OS 10.9.3

(1)

MacPortのインストール

http://www.macports.org/install.php

OSにあったものをDLし，指示通りに

インストール完了後，ターミナルから

$ sudo port -v selfupdate

(2)

xcodeもインストール

コマンドラインバージョンをターミナルからインストールする必要がある

(3)のコマンドを入れて，Warningに記されたように

$ xcode-select --install

そして

$ sudo xcodebuild -license

めんどくさい

(3)

でやっとopenmpiのインストールが可能に

$ sudo port install openmpi

えらく時間がかかった

(4)

そしていよいよrun

$ openmpirun -np N mb-mpi ファイル名

Nはプロセッサの数

走らない

ls /opt/local/bin/

でファイル名を見てみる

（この前に下記：追をやってみたが）

mpirunというのがある

$ mpirun -np 2 mb-mpi ファイル名

走った

ちゃんと2つ使っている．

〜〜〜

追：

インストールの最後の方に

+--- OpenMPI Usage note ----

| The mpicc wrapper (and friends) are installed as:

|

| /opt/local/bin/mpicc-openmpi-mp (likewise mpicxx, ...)

|

| To make openmpi-default's wrappers the default (what you get when

| you execute 'mpicc' etc.) please run:

|

| sudo port select --set mpi openmpi-mp-fortran

+-------------------------

こう書いているのでやってみる

必要だったかどうかはわからない