Родился на хуторе Дурэ Валмиерского района (Латвия). В 1927 г. окончил курсы начсостава при Воен­ной академии имени В. И. Ленина, в 1933 г. — Военную академию имени М. В. Фрунзе. Работал ремонтным ра­бочим на железной дороге, вел агитацию среди солдат. С 1917 г. в Красной гвардии, с 1918 г. в Красной Армии. Во время Гражданской войны воевал на Западном, Южном, Закавказском и Северном фронтах. В Вели­кую Отечественную войну с июля 1943 г. на Брянском, Центральном, Белорусском, 1-м Белорусском фронтах. Руководил боевыми действиями стрелковой дивизии в Гомельско-Речицкой и Рогачевско-Жлобинской на­ступательных операциях. При освобождении города Рогачева дивизии было присвоено почётное наиме­нование «Рогачевской». Командир 120-й гвардейской стрелковой дивизии генерал-майор Фогель Я. Я. особо отли­чился в Белорусской стратегической наступательной операции. С 24 июня по 8 июля 1944 г. дивизия прошла с боями от реки Друть до Новогрудка, участвовала в освобождении 250 населённых пунктов, взяла в плен более 2800 гитлеровцев; 9 июля участвовала в осво­бождении городского посёлка (ныне город) Дятлово Гродненской области. В ходе наступления продуман­ные и стремительные действия дивизии обеспечили быстрое преодоление войсками корпуса трёх водных преград и неотступное преследование отходящих немецких войск. Успешные действия дивизии спо­собствовали окружению крупной группировки про­тивника восточнее Бобруйска (в так называемом бо­бруйском «котле»), Фогель Я. Я. постоянно находился в боевых порядках подчинённых частей и личным мужеством и отвагой воодушевлял солдат и офицеров. В 2,5 км се­веро-восточнее д. Малюшичи Кореличского района Гродненской области Фогель Я. Я. в бою был смертельно ранен.

Награждён орденами: двумя Ленина, Отечествен­ной войны I степени, Красной Звезды.

Похоронен в городе Дятлово на братском клад­бище советских воинов и партизан, где ему постав­лен обелиск.

Именем Фогеля Я. Я. в 1985 г. названа улица в Пер­вомайском районе.

На улице расположены: Военная академия Респу­блики Беларусь.    

Фогель Я. Я. особо отли­чился в Белорусской стратегической наступательной операции. С 24 июня по 8 июля 1944 г. дивизия прошла с боями от реки Друть до Новогрудка, участвовала в освобождении 250 населённых пунктов, взяла в плен более 2800 гитлеровцев; 9 июля участвовала в осво­бождении городского посёлка (ныне город) Дятлово Гродненской области. В ходе наступления продуман­ные и стремительные действия дивизии обеспечили быстрое преодоление войсками корпуса трёх водных преград и неотступное преследование отходящих немецких войск. Успешные действия дивизии спо­собствовали окружению крупной группировки про­тивника восточнее Бобруйска (в так называемом бо­бруйском «котле»), Фогель Я. Я. постоянно находился в боевых порядках подчинённых частей и личным мужеством и отвагой воодушевлял солдат и офицеров.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 апреля 1945 года за прорыв сильно укреплённой обороны противника на реке Друть и бои за город Новогрудок, проявленные при этом мужество и героизм гвардии генерал-майору Фогелю Яну Яновичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.

Фогель Ян Янович // Герои Советского Союза : краткий биографический словарь : [в 2 т.] / Министерство обороны СССР, Главное управление кадров, Институт военной истории, Центральный архив ; [А. А. Бабаков (руководитель) и др.] ; редколлегия : И. Н. Шкадов (председатель) [и др.]. — Москва : Воениздат, 1988. — Т. 2. — С. 659.

Фогель Ян Янович // Их именами названы... Улицы Минска : энциклопедический справочник / [редколлегия : В. В. Андриевич (главный редактор) и др.]. — Минск : Беларуская Энцыклапедыя, 2014. — С. 415.

Фогель Ян Янович // Минск : энциклопедический справочник / Белорусская Советская Энциклопедия ; [редколлегия : И. П. Шамякин (главный редактор) и др.]. — Изд. 2-е, дополненное и переработанное. — Минск : Белорусская Советская Энциклопедия, 1983. — С. 419.

Фогель Ян Янович // Республика Беларусь: энциклопедия: [в 6 т.] / редколлегия : Г. П. Пашков (главный редактор [и др.]. — Минск : Беларуская энцыклапедыя, 2008. — Т. 7. — С. 383.