Родился в местечке Грузджяй (Литва) в семье ба­трака. С 1914 г. проживал в Москве, работал земле­копом, арматурщиком на заводе «Проводник». По­сле кратковременного пребывания в Литве и работы на Выксунском заводе вернулся в Москву. В 1919 г. окончил Военно-политические курсы и назначен по­литруком роты на Западном фронте, воевал против польских войск. В 1920—1925 гг. руководил партизан­скими отрядами в Западной Белоруссии. С 1925 г. на административно-хозяйственной работе в Москве, с 1930 г. в органах госбезопасности. В 1930-е гг. начальник участка на строительстве канала Москва — Волга. В 1936—1939 гг. участник гражданской войны в Испании, в 1939—1940 гг. – советско-финляндской войны. С 1939 г. в центральном аппарате Наркомата внутренних дел СССР. В Великую Отечественную войну с сентября 1941 г. на Западном фронте, командир батальона мотострелковой бригады специального назначения. С марта 1942 г. в тылу врага, командир партизанского отряда Наркомата госбезопасности СССР «Местные», действовавшего в Минской области Одновременно в сентябре 1943 г. — июле 1944 г. Минского подпольного горкома КП(б)Б, который базировался при его отряде. До 1958 г. работал в органах госбезопасности, полковник.

Награждён орденами: четырьмя Ленина, Красного Знамени, Отечественной войны I и II степени, Трудового Красного Знамени.

Похоронен на Введенском кладбище в Москве

Именем С.А. Ваупшасова в 1977 г. названа улица в Партизанском районе. Установлена мемориальная доска (1981).

На пересечении улиц Ваупшасова и Долгобродская находится парк имени 50-летия Великого Октября, часть лесопарка Степянка.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года за образцовое выполнение специальных заданий в тылу противника и проявленные при этом отвагу и геройство Ваупшасову Станиславу Алексеевичу было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

Ваупшасов Станислав Алексеевич // Их именами названы... Улицы Минска: энциклопедический справочник / [редколлегия: В. В. Андриевич (главный редактор) и др.]. — Минск : Беларуская Энцыклапедыя, 2014. — С. 66.

Ваупшасов Станислав Алексеевич // Герои страны: Международный патриотический интернет-проект [Электронный ресурс]. — Режим доступа: URL: https://warheroes.ru/hero/hero.asp?Hero_id=295. — Дата обращения: 18.10.2023.

Ваупшасов Станислав Алексеевич // Республика Беларусь: энциклопедия: [в 6 т.] / редколлегия: Г. П. Пашков (главный редактор  [и др.]. — Минск : Беларуская энцыклапедыя, 2006. — Т. 2. — С. 599.

Ваупшасов Станислав Алексеевич // Минск: энциклопедический справочник / Белорусская Советская Энциклопедия ; [Л. В. Аржаева и др. ; редколлегия: И. П. Шамякин (главный редактор) и др.]. — Изд. 2-е, дополненное и переработанное. — Минск: Белорусская Советская Энциклопедия, 1983. — С. 117.

Герой Советского Союза полковник Станислав Ваупшасов // Лица Великой Победы / [руководитель проекта В. Г. Семченко ; составитель А. Е. Матвиенко ; авторы текста А. Е. Матвиенко, В. М. Тулинов ; фото: А. В. Клещук, Е. В. Песецкий]. — Минск : Звязда, 2023. — С. 150—151.