แม้ว่าจระเข้ไนล์จะมีลักษณะคล้ายรถถังหุ้มเกราะที่มีปากขนาดใหญ่และเต็มไปด้วยฟัน แต่สัตว์เลื้อยคลานเหล่านี้กลับเป็นพ่อแม่ที่เอาใจใส่ลูกอย่างมาก
เมื่อจระเข้ไนล์ตัวผู้ขนาดใหญ่พบจระเข้ตัวเมียที่ถูกใจ มันจะคำรามและสาดน้ำ โดยใช้จมูกตบน้ำเพื่อดึงดูดความสนใจ มันจะส่งเสียงครางและคำราม และบางครั้งก็สูดหายใจเข้าลึกๆ จนจมูกจุ่มลงไปในน้ำแล้วพ่นน้ำออกมาทางรูจมูก ทำให้เกิดละอองน้ำคล้ายน้ำพุ
จระเข้ตัวเมียพร้อมที่จะวางไข่ได้ประมาณสองเดือนหลังจากผสมพันธุ์ มันจะสำรวจพื้นที่เพื่อหาสถานที่ทำรังที่เหมาะสม โดยปกติแล้วจะขุดหลุมบนฝั่งแม่น้ำ ชายฝั่ง หรือลำธารแห้ง
จระเข้ตัวเมียจะวางไข่ในรังประมาณ 25 ถึง 80 ฟอง จากนั้นก็จะเฝ้าดูแลลูกไข่เป็นเวลานาน สำหรับสัตว์เลื้อยคลานแล้ว นี่เป็นการแสดงความจงรักภักดีที่ผิดปกติ สัตว์เลื้อยคลานชนิดอื่นวางไข่แล้วก็จากไป แต่จระเข้ตัวเมียจะเฝ้าดูแลรังอย่างต่อเนื่องตลอดระยะเวลาฟักไข่สามเดือน โดยจะออกจากรังก็ต่อเมื่อต้องการไปพักผ่อนคลายความร้อนในที่ร่มใกล้ๆ หรือลงไปแช่น้ำสักครู่เท่านั้น จระเข้ตัวผู้มักจะอยู่ใกล้ๆ เพื่อช่วยไล่ล่าผู้ล่า
ก่อนฟักไข่ไม่นาน ลูกจระเข้จะส่งเสียงร้องแหลมสูง ซึ่งเป็นสัญญาณขอความช่วยเหลือ จระเข้ตัวเมียจะขุดรังขึ้นมา จากนั้นแม่จระเข้จะคาบลูกจระเข้ที่มีความยาวประมาณ 12 นิ้ว (30.5 เซนติเมตร) ไว้ในปากอย่างระมัดระวัง แล้วพาไปที่น้ำ ลูกจระเข้จะอยู่ภายใต้การดูแลของแม่เป็นเวลาถึงสองปี กินแมลงและปลาเล็กๆ และเติบโตขึ้นประมาณหนึ่งฟุต (ประมาณ 30 เซนติเมตร) ในแต่ละปี