Como hemos visto, los sonidos o fonos que aparecen en los inventarios de las lenguas pueden contrastar entre sí o pueden funcionar como alófonos, es decir, como realizaciones de un mismo fonema. Esto implica que los fonemas son unidades más abstractas que los fonos y que estos expresan a aquellos. Pero debemos tomar en cuenta que los fonos también son unidades abstractas, pues son tipos de sonidos; son las categorías que la fonética ha determinado, por observación, que se usan en las lenguas del mundo. Así, un fono como [p], que caracterizamos como una consonante oclusiva bilabial sorda, es una abstracción de las diversas instancias o ejemplares individuales de este sonido que las personas producimos de manera concreta en distintas situaciones reales de habla. No hay dos personas que produzcan el fono [p] de manera exacta; es más, una misma persona no puede producir dos ejemplares de [p] que sean idénticos: los oscilogramas y espectrogramas siempre nos mostrarán alguna diferencia de duración, de amplitud o de frecuencia, por mínima que sea.
Lo mismo podemos decir de las vocales. Como muestra la siguiente carta de formantes, que recoge la producción oral de las vocales castellanas de un mismo hablante, no hay dos instancias o ejemplares que coincidan exactamente en las medidas de su formante 1 y de su formante 2.
En la sección anterior, vimos que las parejas de sonidos [b ~ β̞], [d ~ ð̞] y [ɡ ~ ɣ̞] contrastan una respecto de la otra —es decir, funcionan como fonemas— aun cuando los miembros de cada pareja se usan de manera no contrastiva entre sí —es decir, funcionan como alófonos—. Si comparamos las frases la bata [laˈβ̞ata], y en bata [emˈbata], comprobamos que la pareja de fonos [b ~ β̞] no distingue dos signos, aunque cada uno de estos fonos por separado sí pueda hacerlo con respecto a otros fonos: cava [ˈkaβ̞a] - cada [ˈkað̞a]; bata [ˈbata] - data [ˈdata].
Ahora bien, como no hay dos personas que pronuncien, por ejemplo, la frase la bata [laˈβ̞ata] de manera idéntica y ni siquiera una misma persona la pronuncia igual en dos momentos distintos, entonces, considerar el sonido [β̞] como un único fono supone una abstracción: la consideración de que algunos ejemplares son instancias de un mismo tipo o que son individuos que caen dentro de una categoría. Esto mismo ocurre con las diferentes pronunciaciones del sonido [b]: las consideramos tales porque abstraemos las diferencias de los casos particulares.
Así pues, nos encontramos con dos niveles de abstracción a partir de las pronunciaciones concretas: el nivel de los fonos y el nivel de los fonemas. Los fonemas son las unidades más abstractas que funcionan de manera contrastiva en las lenguas; los fonemas se realizan como fonos particulares en contextos determinados; los fonos, a su vez, se pronuncian de maneras concretas que son siempre distintas. Esto puede esquematizarse de la siguiente manera:
En el nivel de las unidades contrastivas, el fonema /b/ del castellano se opone distintivamente a los fonemas /d/ y /g/ (y a otros más, como /l/, /r/, /p/, etc.). El fonema /b/ se realiza sistemáticamente como los alófonos [b] y [β̞] según el contexto fónico en que aparezca. Finalmente, cada uno de estos alófonos se realiza como un ejemplar particular en boca de diferentes hablantes y según las circunstancias particulares en que se encuentra cada uno.
Esto mismo puede afirmarse de los fonemas /d/ y /g/ y, en general, de cualquier fonema: siempre esta unidad abstracta se realizará de manera sistemática como algunos alófonos según el contexto fónico y cada uno de estos alófonos se realizará como una diversidad de ejemplares. El esquema que aparece a continuación ilustra esta relación con el fonema /a/ del castellano y sus alófonos [ã ~ a], que revisamos en la sección previa.
El esquema muestra que el fonema /a/ del castellano, que contrasta con los fonemas /i, e, o, u/, se realiza como dos alófonos: como una vocal oral (en la mayoría de contextos) o como una vocal nasalizada (entre dos consonantes nasales). Cada uno de estos alófonos, a su vez, se manifestará de manera concreta en ejemplares ligeramente distintos por su duración, por su estructura de formantes o por el grado de nasalización. La relación entre el fonema, los fonos y los ejemplares es idéntica para los otros fonemas vocálicos.
Recordemos que la representación gráfica /b/ o /a/ no significa que el fonema sea [b] y que [β̞] sea su alófono ni que el fonema sea /a/ y que [ã] sea su alófono. La representación gráfica /b/ representa una unidad contrastiva abstracta que se realiza como los alófonos [b] y [β̞]; la razón por la que se elige /b/ como el signo que representa gráficamente al fonema es porque [b] es el alófono principal, prototípico o no marcado de ambos. Esto mismo puede afirmarse del fonema /a/: este fonema se realiza mediante los alófonos [ã ~ a]; si elegimos la vocal oral para representar gráficamente el fonema, es porque este es el alófono más usual, es decir, el que aparece en más contextos.
Ahora bien, de acuerdo con Hualde (2008: 9), la fonología, como ciencia, atiende a los "aspectos de variación que son sistemáticos en una lengua dada y que no se encuentran necesariamente en otras lenguas". El papel de la fonología es caracterizar el sistema de la lengua, por lo cual se encarga de identificar las unidades contrastivas y de dar cuenta de su variación alófonica. La descripción fonológica no se encarga de los detalles de la variación mínima de los ejemplares concretos; por supuesto que estos constituyen una parte importante de la realidad, pero de su estudio se encarga la fonética. Y por supuesto que la fonética es una disciplina fundamental de la que se vale la fonología para conocer su objeto de estudio.
Hasta aquí hemos usado las nociones de lengua y sistema lingüístico más o menos de manera equivalente, pero es importante hacer una aclaración terminológica. Normalmente, usamos la palabra "lengua" como sinónimo de "idioma" para hablar de entidades como el castellano, el quechua, el inglés, el shipibo, el japonés, etc. Como sabemos, una lengua, entendida de esta manera, reúne un conjunto de variedades lingüísticas de tipo histórico, geográfico, social, situacional y también adquisicional. Podemos reconocer la existencia de variedades de una lengua porque cada una de ellas presenta rasgos estructurales que la diferencian de las otras, si bien la mayoría de rasgos son compartidos por todas ellas. La descripción lingüística suele centrarse en el sistema lingüístico que caracteriza una variedad, pues la totalidad de variedades que constituyen un lengua no presentan un solo sistema.
En el caso de la descripción fonológica de la lengua castellana, por ejemplo, es necesario distinguir el estado diacrónico de la lengua que se quiere describir: el inventario de sonidos del castellano en el siglo XIII, así como la función que desempeñaban, no son los mismos que los del castellano contemporáneo. En lo que respecta a la variación de la lengua en el eje diatópico, resulta indispensable distinguir, por ejemplo, las variedades peninsulares que utilizan los sonidos /s/ y /θ/ de manera contrastiva —y que distinguen por su pronunciación las palabras casa y caza, por ejemplo—, de aquellas que no lo hacen (las americanas y algunas peninsulares). De manera similar, deben describirse de manera separada los sistemas fonológicos de las variedades andina y amazónica del castellano peruano que usan contrastivamente los sonidos /ʎ/ – /ʝ/ y /ɟ͡ʝ/ – /ʝ/, respectivamente, para diferenciar expresiones como se calló y se cayó.
Las variedades deben describirse de manera separada aun cuando no presenten fonemas particulares. Por ejemplo, el fonema /x/, que encontramos en la palabra gente, se pronuncia en distintas variedades como [x], [ç] o [h]. Los mismo ocurre con el fonema /f/, que se pronuncia [ɸ] o [f] en distintas variedades. Un caso bastante conocido es el del fonema /r/, que se pronuncia vibrante [r] en algunas variedades y asibilado [ɹ̝] en otras. El fonema /s/ también presenta distintas realizaciones en variedades diferentes: en una frase como los amigos, el fonema final de la palabra los puede pronunciarse [s], [z], [h] o [ʔ]. Finalmente, también es conocido el caso del fonema /ʝ/, que encontramos en una palabra como mayo, el cual se pronuncia [ʝ], [ʒ] o [ʃ] en distintas variedades. Algunos autores consideran que los diferentes sonidos que realizan un fonema en distintas variedades son alófonos del mismo fonema, pues consideran que esta unidad corresponde a toda la lengua. Otros autores prefieren describir cada variedad de manera independiente y, por tanto, caracterizan los fonemas de manera distinta en cada una de ellas.
En la siguiente sección, veremos que los sonidos del habla no son elementos indescomponibles, sino que están conformados por unidades menores conocidas como "rasgos". Corresponde al punto 5 de Cohn que presentamos en la sección 1.1 Introducción. Los rasgos son fundamentales en el funcionamiento de los sistemas fonológicos, pues son las unidades que permiten que los sonidos cumplan su función contrastiva y son también las unidades que diferencian los alófonos y que, como veremos más adelante en nuestro curso, resultan esenciales para la determinación de las clases fonológicas y para la realización de los procesos fonológicos.