Het Fliegerregiment 51 werd opgericht op 1 april 1939 als "Fliegerausbildungsregiment 51" met een stafeenheid (Stab), een opleidingsbataljon (Ausbildungsbataillon) en vliegschool (Flugzeugführerschule 51). De vliegschool verliet de eenheid op 1 Oktober 1941. In april 1941 kwam de eenheid naar Antwerpen. Op 16 augustus 1942 kreeg de eenheid een nieuwe naam "Fliegerregiment 51". Het veldpostnummer was 04836. De eenheid werd deels gestastioneerd in de school in de Ramskapellestraat te Deurne en deels in Hoogboom. Daarnaast werden de administratieve diensten gevestigd op de Italiëlei 25.

In juni 1944 veranderde de benaming in "Luftgaufeldregiment Belgien-Nordfrankreich (mot.) 51" en verplaatst naar Nederland om de vliegvelden Woensdrecht en Gilze-Rijen te verdedigen. In september werden ze verplaatst naar het Albertkanaal en dan, op 9 september 1944, werd de eenheid opgeheven. De resterende eenheden werden opgenomen bij de "Fallschirmtruppe".

Tussen 8 en 23 september 1944, werd de eenheid, samen met de restanten van Flugzeugführerschule 53, ingezet bij de slag om Geel (The battle for the Locks). De eenheden, vooral bestaande uit 17-18 jarigen, leden zeer zware verliezen. In de periode van 1-3 oktober vochten de restanten ter hoogte van de lijn Turnhout-Breda, waarna de restanten naar Zuid Nederland werden verplaatst.