A Graduação são Classes ninjas que representa títulos específicos que cada ninja possui para expressar a experiência possuída por ele. No universo de Naruto estas são divididas em categorias para que ninjas supostamente mais fracos não acabem fazendo uma missão arriscada e complexa. Já no RPG serve para lhe permitir que explore novas possibilidades e experiências.

Veja os Graus de instrução/Graduação dos ninjas:

Inicialmente, todos iniciam na Academia Ninja e por tal seu grau de instrução inicial é de apenas "Acadêmico". Nas academias é ensinado o básico do RPG e do universo de Naruto com a expectativa de que estes irão se tornar excelentes ninjas futuramente. Todos os alunos da Academia ao concluírem o seu primeiro aprendizado são graduados a Gennin e em seguida adicionados na vila.

Após passarem pela Academia já podem ser considerados ninjas. Este nível de graduação permite a todos a ter acesso a vila a que foi destinado, ao mapa mundo-aberto e Mercado Negro, evoluir as vontades do fogo e da pedra que habita em ti como ninja, e por fim, também permite que o jogador possa evoluir até o level 10.

Esta graduação não concede atributo algum.

O RPG a cada um período de tempo fará Exame Chunnin mundialmente, só podendo participar quem for Gennin. Os aprovados em todas as etapas serão graduados a Chunnin.

Este rank de graduação, Chunnin, permite tudo aquilo que já é garantido na patente Chunnin contudo, o level máximo permitido para os jogadores de graduação Chunnin passa a ser o level 15.

Esta graduação concede +50.000.000 para os atributos de ataque, defesa e HP.

O RPG a cada um longo período de tempo fará Exame Jounnin mundialmente, só podendo participar quem for Chunnin. Os aprovados em todas as etapas serão graduados a Jounnin.

Este é o último rank de graduação e permite tudo aquilo que já é garantido na patente Chunnin contudo, o level máximo permitido para os jogadores de graduação Jounnin passa a ser o level 20.

Esta graduação concede +200.000.000 para os atributos de ataque, defesa e HP, substituindo o atributo recebido pela patente Chunnin.