Ang sumusunod ay patunay na nandayuhan ang mga sinaunang Homo sapiens sa Pilipinas noong 55,000 hanggang 45,000 BCE. Ayon sa mga siyentista, ito ay ang panahon ng paglitaw ng Sunda Shelf at tulay na lupa. Ang mga kagamitang batong ginamit nila ay natagpuan sa kuweba ng Tabon at iba pang kuweba sa Palawan.
Ang nahukay na ebidensiya ng mga tao sa kuweba ng Tabon sa Palawan noong 1962 ay may gulang na 45,000 hanggang 22,000 BCE. Ito ay isang fossilized na bumbunan, panga, at mga ngipin ng taong Homo sapiens kasama ang mga mas pino o mas makinis na kasangkapang bato. Nakita rin ng mga arkeologo ang mga labi ng baboy ramo at usa. Bagama't malapit ang kuweba ng Tabon sa baybaying dagat ngayon, walang nakitang mga labi ng hayop mula sa dagat sa pook tulad ng kabibe at tinik ng isda. Maaaring malayo ang kuweba sa baybay-dagat nang ito ay gawing tirahan ng mga Homo sapiens. May mga uling ding natagpuan sa kuweba ng Tabon.
Sa kuweba ng Guri, pinaniniwalaang may mga nanirahan ding mga Homo sapiens sapiens mula 8,000 hanggang 4,000 BCE. Natagpuan dito ang mga tapyas ng kagamitang bato, mga libingang palayok, at mga palamuting yari sa jade at beads. Ang mga kagamitang natagpuan ay tinatayang may edad na 2,500 hanggang 2,300 BCE. Nakakuha rin ang mga arkeologo ng mga labi ng mga yamang dagat sa pook.
Ang kuweba ng Duyong ay pinaniniwalaang tinirhan din ng mga Homo sapiens noong 3,100 BCE. Natagpuan dito ang nakabaluktot na labi ng tao, mga kagamitang bato na palakol (adze), palawit sa kuwintas na yari sa kabibe, palamuti sa katawan tulad ng hikaw, pulseras, lingling o na yari sa jade, sisidlan ng gamit sa nganga, at palayok.
Sa kuweba ng Manunggul, natagpuan ang palayok na sisidlan ng namatay o sisidlan ng pangalawang libing ng mga ninuno natin. Ang takip nito ay may dalawang taong nakasakay sa bangka na naglalarawan ng paniniwala ng sinaunang tao sa muling pagkabuhay. Pinaniniwalaang ang kuweba ng Manunggul ay pinanahanan ng ating mga ninuno noong 2,800 hanggang 2,700 BCE. May mga nahukay rin na mga palamuti na yari sa jade, kabibe, at bato.