Per la realizzazione del progetto della scuola sono stati formati cinque gruppi di lavoro (dipartimenti): uno per l’ambito linguistico, uno per l’ambito matematico, uno per quello scientifico, uno per la storia e l’educazione espressiva, uno per la geografia e l’educazione motoria. Particolare attenzione è stata riservata all'attività di formazione per gli insegnanti coinvolti nel progetto, al fine di realizzare una “comunità educante” che condivide non solo obiettivi e finalità, ma anche approcci metodologici, stili valutativi, competenze sui linguaggi e le attrezzature multimediali. L’organizzazione per gruppi diversi da quelli tradizionali (classi e sezioni), la necessità di una riflessione e di un confronto sull'andamento dei percorsi, necessitano di ore aggiuntive per gli insegnanti, da dedicare sia al potenziamento delle compresenze, sia alle attività di programmazione.
Oltre alle ore previste dal servizio e dal Contratto per la programmazione, vengono effettuati incontri a cadenza mensile all’interno di strutture dipartimentali stabilmente strutturate nella scuola, che vedono la partecipazione delle insegnanti della stessa area di insegnamento (Scuola dell’Infanzia e Primaria e Secondaria).
All’interno dei dipartimenti si procede alla progettazione dei percorsi e al loro monitoraggio in itinere, alla messa a punto degli strumenti per la verifica e la valutazione, nonché alla documentazione dell’attività svolta.