NanoStudioは「.wav」「.mid」「.nsp」の拡張子を持つファイルと関連付けできます。
iOS
上記拡張子を持つファイルを他のアプリケーション（例：メール、Safari）で選択し「open with NanoStudio（NanoStudioで開く）」を選ぶことができます。
WindowsおよびMac OS X
上記拡張子を持つファイルをダブルクリックすることにより、NanoStudioで開くことができます。※訳注：Windowsにおいて「.wav」「.mid」はこの限りでない（はず）
NanoStudioにおけるファイルの取り扱い
NanoStudioで新規にファイルを開く場合、そのファイルをすぐには読み込まず、現在のプロジェクトを保存するかどうか確認します。
すでに現在作業中のプロジェクトを保存してあれば、新規ファイルをそのまま読み込むことができます。