重要（作者からの注意です）：バージョン2.6の適用前に、デッキのバックアップを取っておいてください。これまで事前に広範囲なテストを行ってきましたが、今回のアップデートは大幅な内部変更を含んでいます。バックアップを取らない場合は、バージョンアップによる問題が発生しないかどうか（訳注：フォーラムなどで報告されるものと思われます）、数日待ってからアップデートをお願いします。
私（Power1000）の場合、過去に行われたバージョンアップで、それまでの学習記録が消去されてしまった経験が2回ほどあります。それが短期集中モードや、スケジュール学習モードを使わなくなってしまった一因でもあります。みなさんの中には、長期にわたる学習記録が蓄積された大事なデッキを お持ちの方がたくさんいらっしゃると思います。iTunesでアップデートが確認されたら、まずデッキのバックアップを先に取り、その後で更新することを強くお勧めします。
デッキのダウンロードと読み込み時におけるパフォーマンスの向上
（辞書のような10万枚のデッキでも作成できるようになったらしいです）
また、デッキ一覧からデッキを選択し、学習画面が表示されるまでのスピードが速くなりました。
カードデータの増加
カードは5面まで
カテゴリーは4つまで
学習統計データはカード1枚につき4セットまで
上記に対応したデッキの作成には、新しいフォーマットを使う必要があります。（もちろん従来のフォーマットである基本フォーマットもそのままサポートしています）。記述方法については、新フォーマットのリファレンスをご覧ください。
1枚のカードには、学習統計データをそれぞれ複数記録可能
たとえば英単語を学習する場合、カードの表裏を逆にした場合の学習統計データも保存できるようになります。「短期集中（Short Term Goal）」モードと「スケジュール学習（Spaced Repetition）」モードでこの機能を使う場合、学習画面＞右上の「ｉ」をタップ＞「Show Side First（最初に表示する面）」をタップします。すると画面下部に新たに「Statistics Set（学習統計データのセット）」オプションが追加されているのがわかると思います。設定についての詳細は、このオプション画面のヘルプで確認できます。
スケジュール学習（Spaced Repetition）モードの追加機能
メイン画面のデッキリストには、「Cards to Study（学習するカード）」で設定することにより、Dueのカード（今学習すべきカード）の枚数を表示させることができるようになりました。
カード一覧画面の更新
テキストデータを最大5列でリスト表示することができます。閲覧オプションの設定を保存したり、追加したカード順に上から表示したりするオプションも用意されました。さらにGoogleなどの検索エンジン同様、スペースを空けることで、複数の単語によるカード検索が可能となりました。
複数カード選択機能（Bulk select）の更新
カード一覧画面の「Mode」から入れる「Multi-Select」モードから、
ステータスやフラグの変更
複数カードのカテゴリー変更
を一度に行うことができるようになりました。
コンビネーションデッキの独自設定
従来、元となるデッキの設定に依存していたコンビネーションデッキも、独自に「Cards to Study（学習するカード）」を設定することができるようになりました。これにより、お使いのコンビネーションデッキで用いていた設定によっては、それらを改めてセットアップしなおす必要が出てくる場合があります。
「メモ用紙（Note）」機能
カードにそれぞれ「メモ用紙」機能を付加することができます。メモ用紙にはWebサイトのリンクを含めることが可能です（学習中にネット接続するなどの利用方法が考えられます）。メモ用紙が付加されたカードには、カードの下部に、緑色の「n」が表示されます。この場合、画面下部中央のショートカットメニューを使って、そのメモ用紙を見ることができます。メモ用紙機能のヘルプは、カード編集画面の下部にあります。
その他/上級ユーザー向け情報
iPhone/iPod touch/iPadの設定アプリケーションから、全データベースのインポート・エクスポートができるようになりました。ただし、メディアファイル（音声・画像データ）のバックアップはこの方法ではできませんので、利用する機会は限られるでしょう。
5面カードなど、新しい機能を利用するには、新しいフォーマットでデッキデータを作成する必要があります。詳細については、新フォーマットのリファレンスをご覧ください。
新しいフォーマットでは、「ヘッダ行」という、カードの面数、カテゴリー、画像・音声ファイルの割り当てなどを指定するための行を、デッキデータの第1行目に記述します。
これによって、基本フォーマットではタグで指定していたメディアファイルなどの記述がすっきりするように思われます。
バージョン2.6からは、WiFiによるデータのダウンロード高速化を図るため、並列ダウンロードが取り入れられたようです。このサイトの私の設定を参考にしてBlackJumboDogで「同時接続数の制限」を「1」にされていると、バージョン2.6でのデッキデータ転送時に「同時接続数を超えたのでリクエストはキャンセルされます。」のメッセージが表示され、画像・音声などのメディアファイルが正しく転送されないことがあります。お手数ですが、BlackJumboDogのオプションメニューからWebサーバの設定ダイアログを開き、「同時接続数の制限」を「0」に変更してください。すみませんがよろしくお願いいたします。