Su pensamiento ha sido excesivamente discutido, un aluvión de doxógrafos y comentaristas se ciernen sobre las pocas sentencias que de él nos han llegado para intentar revelar su sentido, por esta razón y por la manifiesta oscuridad de su estilo, que emula a las sentencias de los oráculos, es posible que no se conozca con certeza su doctrina al mezclase la paráfrasis con sus pensamientos genuinos.

Heráclito es un pensador que se desliga racionalmente del mito desde el punto de vista del significado o el sentido de su doctrina, pero su expresión es manifiestamente profética, oracular, délfica y oblicua, de forma que él considera haber llegado a una verdad de profundo calado, casi una revelación divina, pero la expresa oblicua o metafóricamente adoptando un estilo aforístico, en parte porque cree que ninguna gran verdad pueda ser dicha de forma lógica, clara y directa.

Se expresa a través de la prosa. De él se conservan aproximadamente un centenar de fragmentos cuyo orden se discute, que supuestamente formaron parte de un libro. Por tanto, en su expresión se recogen ecos del pensamiento tradicional mítico -misterioso y enigmático- aunque el fondo del mismo exprese verdades de carácter lógico y racional de forma análoga a los anteriores pensadores presocráticos.

• Estoicismo: la filosofía estoica incorpora, reinterpreta y sintetiza sincréticamente muchas de las aportaciones del pensamiento presocrático y principalmente del heraclíteo.

• Padres de la Iglesia como Hipólito: recurre al pensamiento de Heráclito para refutar las herejías al considerarlas recurrencias de sistemas paganos anteriores.

• Platón: hace alusiones al pensamiento de Heráclito en algunos de sus diálogos, hay que considerar también que en su juventud fue discípulo del heraclíteo Crátilo, por lo que conoce de forma indirecta las doctrinas de este.

• Teofrasto: lo menciona en su Epítome.

• Aristóteles: alude a Heráclito en algunos de sus escritos como la Retórica, Ética a Nicómaco.

Se calcula que tenía unos cuarenta años alrededor del 500 a.C. y que provenía de tradición familiar aristocrática cercana a la realeza. Su carácter se describe como misántropo y arrogante.

Poco más se conoce de su vida, a excepción de su supuesta adversión por las ideas igualitarias y posiblemente democráticas. Fue también bastante crítico con aquellos que practicaban un conocimiento acumulativo (por aprendizaje) -de lo cual acusa a Pitágoras (polímata)-, al que contrapone el de inspiración interior o divina (autodidacta) basado en profundas verdades, de hecho, él considera ser, a través de su lenguaje y su persona, un vehículo de expresión de un Lógos universal que trata misteriosamente de revelarnos. A través de la expresión oracular de ese Lógos, pretende desvelar la verdad que la naturaleza oculta, su constitución real e intrínseca, pero cognoscible al ser análogo al lógos humano.

• Principio regulador o ley necesaria (divina) a partir de la cual se ordena la naturaleza:

Heráclito le aporta a la palabra Lógos el matiz de ley universal y eterna intrínseca a la phýsis. Según Heráclito todo acontecer natural es conforme al Lógos, todo sucede en la naturaleza conforme a esta ley universal que la rige. Al igual que los milesios consideraban que existía una analogía entre el único principio eterno que postulaban como arkhé y la materialización de sus resultados, de forma que todo lo existente se origina a través de él y a él retorna, Heráclito conserva la estructura de ese principio teórico estableciendo una analogía similar entre el Lógos universal y el individual, conservando también la unidad como síntesis suprema como principio teórico análogo al monismo jonio.

•  Lo que es común a todas las cosas, principio universal, unidad abstracta:

Razón o ley universal inherente que explica los cambios en la sucesión constante de los fenómenos y que lo hace en base a la analogía entre Lógos universal y el lógos individual, del que este es una parte. Por esta razón el lógos individual es capaz de desentrañar la unidad intrínseca de los fenómenos naturales y explicar sus fundamentos. Estos fundamentos son intrínsecos, interiores a la naturaleza y no dependen de la acción externa de ninguna deidad. Además, son abstractos, racionales y no dependen de ninguna emoción o voluntad. El concepto divino de voluntad arbitraria sometida a las pasiones de los dioses se sustancializa en una fuerza intrínseca que se sustrae de todo antropomorfismo. Este Lógos universal adquiere las cualidades de ley universal, sagrada e inherente a la naturaleza que explica desde sí misma el fundamento último de toda la realidad. 

• Argumento racional mediante el cual este principio se expresa, es decir, lenguaje argumentativo:

En virtud de la analogía anteriormente descrita, el lógos individual es la capacidad de algunos hombres de intuir o captar lo común o el principio de unidad intrínseco al suceder fenoménico y expresarlo. Capacidad de conocer la identidad y expresarla, solo accesible a algunos. Por ejemplo, la capacidad de captar lo común o la unidad interna de los fenómenos y expresarlo en leyes será una cualidad del científico. La ley científica al igual que el Lógos / lógos expresa esta unidad interna de los fenómenos naturales, pero no todos los científicos son capaces de hacerlo, solo algunos, de ahí que la ley de la gravitación universal fuera descubierta por Isaac Newton o que fuera Kepler el científico capaz de expresar en leyes matemáticas los movimientos de los planetas alrededor del sol contradiciendo manifiestamente con ello las posiciones geocéntricas y la tradición astronómica que describe los movimientos celestes a través de órbitas circulares y no elípticas. 

• Síntesis dialéctica (unidad de los opuestos) que se materializa, expresa y describe de forma cíclica:

En analogía con los ciclos naturales presentes en la mitología anterior y ligada a una concepción temporal no lineal (eterno retorno) de la naturaleza, el Lógos en tanto que unidad expresa la circularidad.

Heráclito propone el fuego como arkhé de la phýsis, pero este fuego no es el simple elemento ígneo, sino que se identifica con el Lógos universal y es principio divino eterno, medida y ley de todos los cambios, además de unidad dialéctica de los opuestos y alma en tanto que principio de vida.

• El Lógos como fuego

La unidad del cosmos se expresa mediante un fuego eterno, siempre vivo, razón o ley responsable del orden del mundo. Es además la forma más elevada y pura de la materia y por esta causa elemento conductor del alma y la inteligencia. Como sucede en el pensamiento milesio no se distingue el elemento material de una causa espiritual, formal o agente.

• La unidad dialéctica o armonía de los contrarios

Frente a los pitagóricos, Heráclito no concibe la armonía como equilibrio, sino como continua oposición dialéctica o lucha circular y eterna de los contrarios, la unidad es el ciclo eterno en sí mismo (Discurso de Erixímaco en el Banquete). La verdad de esta unidad está en la tensión misma de esta contradicción eterna, en la oposición dinámica, en la guerra como fuerza generadora del cambio y de la unidad en él (Ej: el arco y la lira); no obstante, esta dialéctica sucede según un Lógos y no por azar.

• Características de la unidad dialéctica

La unidad dialéctica se define además mediante varias relaciones intrínsecas o implícitas:

1) Sucesión dialéctica en analogía con la identidad: la sucesión dialéctica de los cambios en el continuum mismo de su sucederse, que es análoga a la identidad para Heráclito, de forma que esta no es la síntesis o armonía de los opuestos, sino la oposición misma.

2) Relatividad de la experiencia subjetiva que no puede abstraer la unidad ni como oposición ni como síntesis y se queda en uno de los extremos dialécticos.

3) El valor de cada contrario se constituye por la oposición misma: la contradicción dialéctica es la responsable de la identidad de cada opuesto, que no sería tal si tal oposición no existiera. La contradicción genera la unidad diferenciada de cada opuesto.

4) Los contrarios son formas de manifestarse la unidad: Los contrarios son idénticos porque son aspectos de la unidad que se manifiesta polimórficamente. Afirmar la unidad dialéctica y reconocer que la verdad de la phýsis está en la tensión misma implica considerar la polaridad, la lucha, la tensión como germen de todas las cosas materiales y sus cambios. En este sentido, el Lógos, el fuego, es guerra, oposición cíclica y eterna como fuerza cósmica generadora.

5) Justicia como alternancia de contrarios: al igual que en Anaximandro, la justicia es entendida como alternancia de contrarios según los decretos del tiempo. Predominio en el proceso dialéctico de un contrario sobre otro.

6) La dialéctica de los opuestos implica el fluir o sucederse continuo de su alternancia y, por tanto, de los fenómenos, de ahí que Heráclito considere que la naturaleza está en permanente cambio o que "Todo fluye" (Πάντα ῥεῖ), pero según un Lógos que marca la tensión y alternancia de los opuestos, este Lógos es el fuego cósmico. 

•  El fuego como arkhé

El concepto presocrático de cosmos (kósmos) está ligado al de Lógos, arkhé, armonía, ley, en tanto se concibe el mundo de la phýsis con un orden intrínseco, que responde a unas leyes, proporciones, procesos, causantes del orden y del cambio. Para Heráclito este arkhé es el fuego: el universo se originó del fuego divino, eterno, inengendrado y a él debe retornar (ekpýrosis). Tanto el arkhé como el lógos del universo son este fuego divino.

El fuego es principio divino y arkhé, a partir de él se forman todas las sustancias del mundo material por condensación y rarefacción (analogía con Anaxímenes). Cuando Heráclito habla del camino hacia arriba y hacia abajo se refiere a la jerarquía de cambios que se dan en el mundo material a partir del fuego: la transformación del fuego en las distintas formas de materia, de ahí que considere que todas las cosas tienen un intercambio con el fuego, aunque propiamente cada forma de materia surge de la aniquilación de otra (muerte de los elementos). El fuego preside, por tanto, todo el ciclo de los cambios, tanto materiales como psíquicos, en tanto que fuente de vida y racionalidad. Las transformaciones de la phýsis se caracterizan por:

1) Ser constantes, perennes.

2) Tener al fuego como materia común y permanente.

3) Suceder según medida (lógos, proporcionalidad, razón).

• El arkhé como alma

El alma es exhalación a partir del fuego, de forma que alma y fuego se identifican (Aithér-aer). El alma está compuesta de una chispa de fuego cósmico divino (Aithér en la creencia griega popular, no obstante, dicha creencia la considera inmortal y su destino es fundirse con el Aithér de nuevo).

Heráclito es ambiguo en este aspecto (materia y forma unidas frente a Pitágoras y Platón), al defender la doctrina del flujo en la que acentúa el cambio mismo frente a la permanencia y eternidad de la forma, no obstante, el Lógos o fuego permanece idéntico en este flujo y dicta las leyes o medidas del cambio mismo.

La cuestión de la inmortalidad del alma es problemática, pues en coherencia con la doctrina del cambio, aunque el fuego permanezca, el alma como identidad que conserva la individualidad se disolvería, por lo que las recompensas y castigos tras una vida virtuosa no tendrían tampoco sentido alguno. No obstante, en un fragmento alude a un daimon protector que es el alma de los héroes caídos en batalla que según Hesíodo protegían a los mortales.

• El Lógos como diké o justicia divina:

El Lógos o el fuego es el símbolo de la lucha eterna de los contrarios, que era entendida por Heráclito como juicio divino que someterá al mundo a la conflagración (ekpýrosis). Tanto a nivel cósmico como a nivel individual, el Lógos como guerra de los opuestos castiga la mentira y el exceso en la medida (desproporción, desequilibrio), juzgando el fuego mismo entre el falso y el justo.