Entre las principales desventajas podemos mencionar:
Dificultad para transmitir y enseñar la filosofía de la administración por objetivos.
Deficiencias al proporcionar las normas, especialmente a las personas que deben establecer los objetivos.
Limitaciones al momento de determinar los objetivos para el corto y el largo plazo.
Aumenta el papeleo: Los programas de APO introducen un mar de papeleo como manuales de formación, boletines de noticias, folletos de instrucciones, cuestionarios, datos de desempeño e informar a la organización. Los gerentes necesitan retroalimentación de la información, con el fin de saber exactamente lo que está pasando en la organización. Los empleados deben llenar en un número de formatos, aumentando así el papel de trabajo.