La filosofia riformata respinge la nozione che il pensiero teoretico, incluso il pensiero filosofico, sia autonomo. La nozione che il pensiero teoretico sia un'attività razionale pura, che abbia una base semplicemente razionale, o che non richieda condizioni o presupposti pre-teoretici, non può essere sostenuto. Qualsiasi tentativo di spiegare il pensiero teoretico che non riconosca fattori pre-teoretici, è destinato a cadere in antinomie irrisolvibili. La conclusione della "critica trascendentale del pensiero teoretico" di Dooyeweerd è che la filosofia non possa funzionare senza profondi presupposti di carattere religioso. IIlustra questa conclusione la sua analisi dell'influenza dei "motivi di base" religiosi nella storia della filosofia - in particolare quello di natura e libertà nel moderno umanesimo (vedasi Dooyeweerd 1997 Vol.1).
Ogni filosofo ha un'idea di base da cui scaturisce la sua visione circa la diversità, la coerenza e l'identità della realtà, il suo ordine o disordine. Tale idea determina poi la direzione di fondo delle sue attività filosofiche. Non esiste una filosofia che possa definirsi oggettiva e neutrale, come pure fallace è la pretesa dell'autonomia del pensiero umano. Non vi sono alternative: o il pensiero e la ricerca si sottomette alla realtà del Dio creatore che ha rivelato sé stesso nella sua parola e in modo ultimo in Gesù Cristo o sarà necessariamente sottomessa a qualcosa di assolutizzato e comunque "venerato religiosamente" (la ragione, le capacità umane o altro). Questo equivale a nulla di meno che all'idolatria: sottometterci ad un idolo menzognero non potrà che portarci fuori strada. In questo senso Doyeweerd parla di motivi religiosi che sollecitano l'essere umano in tutte le sue varie attività. Responsabilità umana consiste così nello scegliere Dio o un idolo: questa scelta comporta una dipendenza ed un prezzo da pagare.