O Ministério Público de Pernambuco tem atualmente doze núcleos especializados: Núcleo da Família e Registro Civil Alcides do Nascimento Lins (NAF); Núcleo da Pessoa com Deficiência (NPCD); Núcleo da Pessoa Idosa; Núcleo de Apoio à Mulher (NAM); Núcleo de Apoio à Vítima (NAV); Núcleo de Apoio ao Tribunal do Júri (NAJ); Núcleo de Direito LGBT (NDLGBT); Núcleo de Enfretamento ao Racismo; Núcleo de Direito Humano à Nutrição e Alimentação Adequadas Josué de Castro (Núcleo Dhana); Núcleo do Patrimônio Histórico, Artístico e Cultural (NPHAC); Núcleo do Torcedor e Núcleo Permanente de Incentivo à Autocomposição (Nupia).
Os Núcleos têm por objetivo reunir informações sobre políticas públicas, legislação, estudos acadêmicos, estatísticas, eventos nas áreas específicas, assim como dão apoio e suporte necessário aos promotores e procuradores de Justiça para o desempenho de suas funções. A sociedade também é contemplada com esses conhecimentos. Os núcleos promovem ainda o intercâmbio com outras organizações privadas e públicas.