Fundada em 28 de agosto de 1964, até o ano de 1971 teve sua existência apenas estatutária. Inicialmente, a meta era apenas formar profissionais para atuar na área de educação especial, mas devido à demanda sempre crescente, a nova diretoria resolveu fundar a Escola de Educação Especial Santa Rita, em 20 de maio de 1972.
A partir de outubro de 2004, motivada pela Portaria n°1635, de 12/09/2002 - Ministério da Saúde, credencia-se junto ao SUS por intermédio da Autarquia Municipal de Saúde e sistematiza seus atendimentos técnicos através do Setor de Clínicas.
Através do desenvolvimento e execução de programas de atendimento educacional, clínico, social, entre outros trabalhos e projetos, a APAE de Londrina tem como objetivo promover a melhoria na qualidade de vida das pessoas portadoras de deficiência, buscando assegurar-lhes o direito a igualdade e o pleno exercício da sua cidadania.