Pese a estar en el ecuador, el clima de Uganda es moderado, debido a su poca altitud. Las temperaturas oscilan entre los 16 y los 25ºC. La media anual de precipitaciones depende de la zona, desde los 760 mm en el noreste a los 1.520 mm que caen junto al lago Victoria.
Debido a su naturaleza tropical, suele llover con bastante frecuencia durante la estación seca de diciembre a febrero y de junio a agosto. Las áreas montañosas pueden llegar a ser muy frías, algunas veces ha llegado a estar sus picos nevados.