La vegetación del archipiélago de Indonesia comprende alrededor de 40,000 especies de plantas con flores y 3,000 especies de árboles. La flor más grande del mundo, Rafflesia arnoldii, que se encuentra solo en ciertas partes de Sumatra. En la misma área en Sumatra, habita otra planta gigante, amorphophallus titanum (aro gigante), con la mayor inflorescencia a nivel mundial. Otra flor es el jazmín de arabia que es la flor oficial.

El archipiélago indonesio está constituido por 17,000 islas. Estas albergan aproximadamente el 12% de los mamíferos del mundo, 16% de los reptiles y anfibios, 17% de las aves y el 25% de las poblaciones mundiales de peces.

Al oeste, la comunidad animal asiática incluye mamíferos tales como rinocerontes, tapires, tigres y elefantes. Muchas de las islas contienen especies endémicas como el pavo real de Java y el drongo (Sumatra), el serau común (Sumatra), el babirusa (Celebes) y el tamarau (Celebes) y el dragón de Komodo (Rinca y Komodo).