La vegetación se compone fundamentalmente de grupos de raquíticos arbustos espinosos y acacias. La superficie boscosa supone tan sólo un 11,2% del total. En las laderas de las montañas crecen árboles autóctonos de los que se obtienen el incienso y la mirra, mientras que en la parte meridional del país crecen eucaliptos, euforbias y caobas. Entre las abundantes especies animales se encuentran el cocodrilo, el elefante, la jirafa, el leopardo, el león, la cebra y numerosas especies de serpientes venenosas.
Somalia cuenta con escasos recursos naturales; el porcentaje de suelo cultivado es del 1,7%. Los pastos se utilizan para alimentar al ganado. Las principales regiones cultivables son las fértiles tierras de los valles del Yuba y el Shebelē y algunas áreas costeras. Aunque cuenta con una gran variedad de minerales los yacimientos permanecen sin explotar en su mayor parte. Existen depósitos de petróleo, cobre, manganeso, yeso, hierro, mármol, estaño y uranio.
El sobrepastoreo, la deforestación y las periódicas sequías han dado lugar a un proceso de desertización. Exclusivamente el 29% (2004) de la población tiene acceso a agua potable, consecuencia de esta deficiencia es que cerca del 75% de la población tiene parásitos intestinales.