La arqueología a hallado restos del utillaje empleado en en Paleólitico y en Neolítico además de que ha encontrado en su territorio restos culturales de una antigüedad de al menos 9000 años. Se cree que los primeros pobladores fueron los pigmeos.
En el siglo XIII d.C. se estableció en su suelo el pueblo mpongwe. En la década de 1470 este pueblo tuvo contacto por primera vez con los portugueses. Más tarde las relacciones entre franceses, holandeses e ingleses se debían al comercio de esclavos. Aunque una década más tarde los esclavos liberados fundaron Libreville.
Durante los siguientes años los franceses extendieron su gobierno hacia el interior del país; en 1866 nombraron un gobernador para Gabón, que fue adscrito territorialmente al Congo Francés, y en 1910 pasó a formar parte del África Ecuatorial Francesa.
Durante la II Guerra Mundial, Gabón fue ocupado por tropas de la Francia Libre y en 1946 se convirtió en un territorio de ultramar francés. Al año siguiente, Gabón decidió por votación convertirse en república dentro de la Comunidad Francesa, y finalmente, el 17 de agosto de 1960 proclamó su independencia. En 1961 M'Ba fue elegido presidente.
En 1973, cuando M'Ba falleció le sucedido Albert-Bernard Bongo. Gabón empezó a romper sus lazos con Francia y con las organizaciones francófonas. A partir de entonces, el gobierno estableció asociaciones con otros países y los gaboneses ocuparon los puestos de gobierno antes ejercidos por extranjeros.