Hace tres mil años, los pueblos de la lengua bantú migraron desde las selvas del centro de África, estableciéndose en los alrededores del lago Victoria. Dos mil años más tarde, las tribus nilóticas y cushtics penetraron desde el Sudán y Etiopia respectivamente, y se diseminaron por todo el territorio de la actual Kenia.
En el año 600, mercaderes árabes, atraídos por el marfil y las piedras preciosas de zonas aledañas, establecieron ciudades puertos sobre el océano Índico. Desde allí mantuvieron un importante flujo marítimo con el mundo árabe, con Persia y la India. En los puertos de Mombasa o Malindi, los comerciantes y los bantúes generaron la llamada cultura Swahili.
La proximidad de Kenia a la costa de la península arábiga favoreció la fundación de asentamientos permanentes. Entre el siglo I y V, algunos mercaderes griegos de Egipto participaron en el comercio con Kenia. ste comercio llevó al establecimiento de enclaves comerciales. Con el tiempo esos enclaves, llegaron a ser ciudades estado perso-árabes a lo largo de la costa ,estas ciudades estaban regidas por gobiernantes que se habían convertido al Islam.
Los comerciantes musulmanes tenían pocos incentivos para penetrar mucho más allá de la costa en el continente africano, ya que los bienes en los que estaban interesados como el oro procedente de las minas de Zimbabwe, el marfil, los esclavos, los caparazones de tortuga,y los cuernos de rinoceronte eran recogidos por parte de la población local del interior, y era vendido a comerciantes de la costa, en mercados estacionales.