En 1153 llegó al archipiélago Abdul Barakatul Barbari que convirtió a la escasa población al islamismo. Desde entonces las islas fueron gobernadas por un sultán, generalmente vasallo de Ceilán, la actual Sri Lanka. A mediados del siglo XVI fueron ocupadas por los portugueses hasta 1573, cuando fueron expulsados por el sultán Muhammad Thakurufaanu. Desde mediados del XVII hasta finales del Siglo XVIII el archipiélago estuvo bajo el protectorado holandés.
En 1887 Gran Bretaña, con el pretexto de proteger el Canal de Suez, impuso un protectorado al sultanato haciéndole depender del gobernador británico de Ceilán. En 1933 se aprobó una Constitución que transformó el sultanado hereditario en electivo y en 1948 se constituyó un gobierno autónomo dentro de la Commonwealth. En 1953 una revuelta popular proclamó la república aboliendo el sultanado constitucional, aunque fue restaurado unos meses después.
El 26 de julio de 1965 el país obtuvo la independencia quedando integrado como estado asociado en la Commonwealth, aunque Gran Bretaña siguió conservando la posesión de la base de Gan hasta 1976, año en que se retiraron las fuerzas británicas.
En noviembre de 1968 se instauró la república, tras un referéndum celebrado en el mes de marzo del mismo año.