Hướng dẫn chi tiết thủ tục thông quan hàng nhập khẩu mới nhất 2025 – Liên h 0866 139 944 

Trong bối cảnh hoạt động xuất nhập khẩu ngày càng sôi động, việc nắm vững thủ tục thông quan hàng nhập khẩu là yếu tố bắt buộc để doanh nghiệp đảm bảo hàng hóa được lưu thông hợp pháp, nhanh chóng và tiết kiệm chi phí. Năm 2025, quy định và quy trình thông quan hải quan đã có nhiều điểm cập nhật quan trọng theo Luật Hải quan và Thông tư mới của Tổng cục Hải quan Việt Nam. Vì vậy, bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết thủ tục thông quan hàng nhập khẩu mới nhất 2025, giúp bạn hiểu rõ từng bước — từ chuẩn bị hồ sơ, khai báo hải quan điện tử, nộp thuế nhập khẩu, kiểm tra chuyên ngành, đến nhận hàng tại cảng.

Nếu bạn là doanh nghiệp nhập khẩu, công ty logistics, hay cá nhân nhập hàng hóa giá trị cao, việc nắm bắt đúng quy trình sẽ giúp tránh rủi ro, giảm thời gian thông quan và tối ưu chi phí logistics.

Hướng dẫn làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu 

Thủ tục thông quan hàng nhập khẩu là giai đoạn quan trọng nhất trong quá trình đưa hàng hóa từ nước ngoài vào Việt Nam. Đây là bước xác nhận của cơ quan Hải quan để hàng hóa được phép lưu thông hợp pháp trên thị trường nội địa. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết các bước làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu mà bất kỳ doanh nghiệp xuất nhập khẩu, bộ phận logistics, hay cá nhân nhập khẩu hàng hóa nào cũng cần nắm vững để tránh sai sót và tiết kiệm tối đa thời gian, chi phí.

Bước 1 – Chuẩn bị hồ sơ và chứng từ nhập khẩu

Trước khi làm thủ tục, doanh nghiệp nhập khẩu cần chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các Nghị định – Thông tư hiện hành. Bộ hồ sơ thông thường gồm:

• Hợp đồng mua bán hàng hóa (Sales Contract)
  
  

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)
  
  

• Phiếu đóng gói (Packing List)
  
  

• Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill)
  
  

• Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O)
  
  

• Giấy phép nhập khẩu (nếu hàng thuộc diện quản lý đặc biệt)
  
  

Ngoài ra, với một số loại hàng hóa như thực phẩm, mỹ phẩm, thiết bị y tế, doanh nghiệp phải có thêm giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành để đủ điều kiện thông quan hàng nhập khẩu.
👉 Mẹo nhỏ: Hãy kiểm tra kỹ các thông tin trên chứng từ (số lượng, mã HS code, trị giá hàng, nước xuất xứ…) để tránh sai lệch khi khai tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS.

Bước 2 – Khai tờ khai hải quan điện tử

Sau khi chuẩn bị hồ sơ, bước tiếp theo là khai tờ khai hải quan nhập khẩu trên hệ thống điện tử VNACCS thông qua cổng thông tin một cửa quốc gia (https://vnsw.gov.vn).
Người khai cần nhập các thông tin chính xác: mã doanh nghiệp, mã HS, trị giá tính thuế, cảng nhập, phương thức vận chuyển...

Sau khi khai xong, hệ thống sẽ tự động cấp số tờ khai hải quan (IDC) và phân luồng hàng hóa:

• Luồng xanh: Miễn kiểm tra, thông quan tự động.
  
  

• Luồng vàng: Kiểm tra hồ sơ giấy tờ.
  
  

• Luồng đỏ: Kiểm tra thực tế hàng hóa tại kho / cảng.
  
  

Việc nắm rõ quy trình phân luồng hải quan giúp doanh nghiệp chủ động thời gian, chi phí và tránh bị chậm trễ thông quan.

Bước 3 – Nộp thuế và hoàn tất kiểm tra hải quan

Khi tờ khai đã được chấp nhận, doanh nghiệp phải nộp thuế nhập khẩu, thuế VAT và các loại thuế tiêu thụ đặc biệt / thuế bảo vệ môi trường (nếu có).
Hiện nay, các khoản thuế này có thể được nộp trực tuyến qua ngân hàng liên kết hoặc trực tiếp tại kho bạc nhà nước.

Sau khi nộp thuế điện tử thành công, hệ thống hải quan sẽ tự động xác nhận và chuyển trạng thái tờ khai sang “đã hoàn thành nghĩa vụ thuế”.
Đối với hàng hóa luồng vàng hoặc đỏ, cán bộ hải quan sẽ tiến hành kiểm tra hồ sơ, đối chiếu chứng từ, hoặc kiểm thực tế hàng hóa tại cảng. Khi kết quả phù hợp, hàng hóa được phép thông quan.

👉 Lưu ý: Các doanh nghiệp cần lưu giữ tờ khai hải quan, biên lai nộp thuế, phiếu kiểm tra chuyên ngành để phục vụ việc kiểm tra sau thông quan (post-clearance audit).

Bước 4 – Nhận hàng & hoàn tất thủ tục sau thông quan

Sau khi hàng hóa được thông quan, doanh nghiệp tiến hành nhận hàng từ cảng / sân bay dựa trên lệnh giao hàng (Delivery Order) do hãng tàu hoặc đại lý giao nhận cung cấp.
Tại thời điểm này, người nhập khẩu cần:

• Kiểm tra lại số lượng, chủng loại hàng hóa thực tế
  
  

• Lưu trữ hồ sơ nhập khẩu ít nhất 5 năm để phục vụ kiểm tra hải quan khi cần
  
  

• Nếu có sai sót hoặc nhầm mã HS, doanh nghiệp có thể điều chỉnh tờ khai theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC
  
  

👉 Với các doanh nghiệp nhập khẩu thường xuyên, việc hợp tác với đại lý hải quan uy tín giúp rút ngắn thời gian, giảm chi phí và đảm bảo tính chính xác trong toàn bộ quy trình thông quan hàng nhập khẩu.

>> Xem thêm bài viết https://tsl.com.vn/thu-tuc-thong-quan-hang-nhap-khau/

Chuẩn bị hồ sơ & chứng từ cần thiết khi thông quan 

Việc chuẩn bị hồ sơ và chứng từ thông quan hàng nhập khẩu là bước đầu tiên và quan trọng nhất trong toàn bộ quy trình thông quan hàng hóa. Một bộ hồ sơ đầy đủ, chính xác sẽ giúp doanh nghiệp khai tờ khai hải quan thuận lợi, hạn chế rủi ro bị phân luồng vàng hoặc đỏ, đồng thời đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng và đúng quy định của Luật Hải quan Việt Nam.

Hồ sơ hải quan nhập khẩu bắt buộc theo quy định

Theo Điều 16 – Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC), hồ sơ thông quan hàng nhập khẩu bắt buộc gồm những chứng từ sau:

1. Tờ khai hải quan điện tử – được khai qua hệ thống VNACCS/VCIS hoặc Cổng thông tin một cửa quốc gia.
   
   

2. Hợp đồng mua bán hàng hóa (Sales Contract) – thể hiện rõ các điều khoản giao hàng, thanh toán, điều kiện Incoterms.
   
   

3. Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) – căn cứ xác định trị giá hải quan và tính thuế nhập khẩu, thuế VAT.
   
   

4. Phiếu đóng gói (Packing List) – thể hiện quy cách, số lượng, trọng lượng và loại hàng hóa.
   
   

5. Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill) – chứng minh quyền sở hữu hàng hóa trong quá trình vận chuyển.
   
   

6. Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) – giúp xác định xuất xứ hàng hóa và được hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt nếu có.
   
   

👉 Lưu ý: Tùy từng loại hàng nhập khẩu (thực phẩm, hóa chất, thiết bị điện tử, dược phẩm, mỹ phẩm,...) mà doanh nghiệp cần bổ sung thêm các giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành, giấy phép nhập khẩu hoặc giấy đăng ký kiểm tra chất lượng do cơ quan quản lý chuyên ngành cấp.

Chứng từ bổ sung theo loại hình nhập khẩu

Tùy theo loại hình nhập khẩu, mục đích sử dụng và phương thức vận chuyển, doanh nghiệp cần chuẩn bị thêm các chứng từ tương ứng:

• Nhập khẩu kinh doanh: bắt buộc có hợp đồng, hóa đơn, vận đơn, chứng từ thanh toán quốc tế (Swift, T/T, L/C).
  
  

• Nhập khẩu ủy thác: bổ sung hợp đồng ủy thác nhập khẩu giữa bên giao và bên nhận ủy thác.
  
  

• Nhập khẩu phi mậu dịch: cần văn bản đề nghị nhập khẩu hoặc quyết định viện trợ / tặng biếu.
  
  

• Nhập khẩu sản xuất xuất khẩu (EPE): bổ sung bảng định mức nguyên vật liệu, chứng từ chứng minh sử dụng trong sản xuất xuất khẩu.
  
  

• Nhập khẩu hàng tạm nhập tái xuất: cần giấy phép tạm nhập, hợp đồng thuê / mượn hàng hóa và cam kết tái xuất.
  
  

Việc xác định đúng loại hình sẽ giúp khai báo tờ khai hải quan chính xác, từ đó tránh bị truy thu thuế hoặc xử phạt hành chính do khai sai mục đích sử dụng.

Lưu ý khi kiểm tra và sắp xếp chứng từ

Một trong những nguyên nhân khiến quá trình thông quan hàng nhập khẩu bị chậm trễ là do hồ sơ chưa được kiểm tra kỹ hoặc sắp xếp thiếu logic. Để đảm bảo quy trình diễn ra suôn sẻ, người khai hải quan nên:

• Đối chiếu thông tin giữa hóa đơn, vận đơn, packing list, và hợp đồng để đảm bảo thống nhất.
  
  

• Kiểm tra mã HS code của hàng hóa theo Biểu thuế xuất nhập khẩu 2025, vì đây là cơ sở xác định mức thuế và chính sách quản lý.
  
  

• Chuẩn bị song song bản cứng và bản mềm của toàn bộ chứng từ để nộp cho cơ quan hải quan hoặc tải lên hệ thống điện tử.
  
  

• Gắn nhãn hồ sơ rõ ràng: Ví dụ “Hồ sơ nhập khẩu lô hàng ABC – Cảng Cát Lái – 09/2025”.
  
  

• Lưu trữ hồ sơ tối thiểu 5 năm để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan (Post-Clearance Audit).

Những lưu ý khi làm thủ tục thông quan hàng hóa 

Quy trình thông quan hàng hóa nhập khẩu tưởng chừng đơn giản nhưng thực tế lại chứa nhiều chi tiết kỹ thuật và quy định pháp lý đòi hỏi doanh nghiệp xuất nhập khẩu phải nắm vững. Một sai sót nhỏ trong khai báo hải quan, chuẩn bị chứng từ, hay xác định mã HS code đều có thể dẫn đến chậm trễ, phát sinh chi phí lưu kho hoặc thậm chí bị xử phạt hành chính. Dưới đây là những lưu ý quan trọng nhất khi làm thủ tục thông quan hàng hóa giúp doanh nghiệp chủ động và giảm thiểu rủi ro trong quá trình nhập khẩu.

Kiểm tra kỹ thông tin và chứng từ trước khi khai báo hải quan

Trước khi tiến hành khai tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS, doanh nghiệp cần đối chiếu cẩn thận toàn bộ chứng từ thương mại gồm: hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), phiếu đóng gói (Packing List), vận đơn (Bill of Lading), hợp đồng ngoại thương, và chứng nhận xuất xứ (C/O).

• Các thông tin như tên hàng, số lượng, trọng lượng, trị giá CIF/FOB, mã HS phải trùng khớp trên tất cả các chứng từ.
  
  

• Nếu có sự sai lệch dù nhỏ (ví dụ đơn vị tính, mô tả hàng hóa, mã HS không khớp), hệ thống phân luồng hải quan có thể chuyển sang luồng vàng hoặc luồng đỏ, khiến doanh nghiệp mất thêm thời gian kiểm tra.
  
  

• Lưu ý đặc biệt: Nếu hàng hóa thuộc diện kiểm tra chuyên ngành (thực phẩm, dược phẩm, hóa chất, máy móc cũ,…), cần có giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành và giấy phép nhập khẩu hợp lệ trước khi khai tờ khai.

Xác định đúng mã HS code và trị giá hải quan

Mã HS (Harmonized System Code) là yếu tố cốt lõi trong quá trình thông quan hàng nhập khẩu, vì nó ảnh hưởng trực tiếp đến mức thuế nhập khẩu, chính sách quản lý hàng hóa, và yêu cầu kiểm tra chuyên ngành.

• Doanh nghiệp cần tra cứu Biểu thuế xuất nhập khẩu 2025 hoặc sử dụng công cụ tra cứu chính thức của Tổng cục Hải quan để xác định mã HS chính xác nhất.
  
  

• Tránh áp sai mã HS để hưởng thuế thấp hơn – đây là hành vi khai sai trị giá hải quan và có thể bị xử phạt nặng hoặc truy thu thuế.
  
  

• Đối với hàng có mức độ rủi ro cao, cơ quan hải quan có thể yêu cầu tham vấn giá, vì vậy cần chuẩn bị chứng từ chứng minh trị giá giao dịch như hợp đồng, invoice, chứng từ thanh toán (L/C, T/T).

Theo dõi tình trạng tờ khai và phối hợp xử lý phân luồng

Sau khi gửi tờ khai hải quan điện tử, hệ thống VNACCS sẽ tự động phân loại luồng:

• Luồng xanh: được thông quan ngay, không kiểm tra.
  
  

• Luồng vàng: kiểm tra hồ sơ giấy.
  
  

• Luồng đỏ: kiểm tra thực tế hàng hóa.
  
  

Doanh nghiệp cần theo dõi trạng thái tờ khai thường xuyên để phản hồi kịp thời các yêu cầu từ cơ quan hải quan. Nếu bị phân luồng đỏ, cần chuẩn bị sẵn hàng hóa, chứng từ và nhân sự để hỗ trợ kiểm tra thực tế.

• Trong quá trình này, cần hợp tác đầy đủ và minh bạch với cán bộ hải quan.
  
  

• Ghi nhận mọi kết quả kiểm tra bằng văn bản và lưu lại cho hồ sơ sau thông quan.
  
  

• Sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế nhập khẩu, doanh nghiệp có thể thanh lý tờ khai và nhận lệnh giao hàng (Delivery Order) để rút hàng khỏi cảng.

Các chi phí làm thủ tục thông quan hàng hóa 

Trong quá trình thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu, doanh nghiệp không chỉ cần chuẩn bị hồ sơ, chứng từ đầy đủ mà còn phải dự trù các khoản chi phí phát sinh liên quan. Việc nắm rõ và tính toán trước chi phí làm thủ tục thông quan hàng hóa giúp doanh nghiệp chủ động về ngân sách, tối ưu dòng tiền và tránh những phát sinh không đáng có trong quá trình nhập khẩu hoặc xuất khẩu.

Dưới đây là các nhóm chi phí phổ biến mà bất kỳ doanh nghiệp nào tham gia hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa cũng cần biết rõ.

Chi phí nộp cho cơ quan hải quan và các loại thuế bắt buộc

Đây là nhóm chi phí cơ bản và bắt buộc phải nộp khi làm thủ tục hải quan. Các khoản thu này thường bao gồm:

1. Thuế nhập khẩu (Import Duty):
   
   

   • Tính dựa trên mã HS code, trị giá tính thuế (CIF) và thuế suất ưu đãi (MFN hoặc FTA).
     
     

   • Doanh nghiệp nên xác định đúng mã HS để tránh bị truy thu thuế hoặc xử phạt khai sai mã hàng.
     
     

2. Thuế giá trị gia tăng (VAT):
   
   

   • Áp dụng theo mức 5% hoặc 10% tùy loại hàng hóa.
     
     

   • VAT hàng nhập khẩu thường được khấu trừ lại khi kê khai thuế trong nước.
     
     

3. Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có):
   
   

   • Áp dụng với các mặt hàng như rượu bia, ô tô, thuốc lá, mỹ phẩm, xăng dầu,…
     
     

4. Phí hạ tầng cảng biển (Port Infrastructure Fee):
   
   

   • Thu bởi Cảng vụ Hải Phòng, TP.HCM, Cát Lái… tùy địa phương.

Chi phí dịch vụ logistics và đại lý hải quan

Bên cạnh thuế và phí nhà nước, doanh nghiệp còn phải thanh toán cho các đơn vị cung cấp dịch vụ logistics và đại lý hải quan để hoàn tất quá trình làm thủ tục thông quan hàng hóa. Các chi phí này bao gồm:

• Phí khai báo hải quan điện tử (Customs Declaration Fee): trung bình từ 300.000 – 800.000 VNĐ/tờ khai, tùy loại hàng và cảng.
  
  

• Phí vận chuyển nội địa (Inland Trucking): chi phí vận chuyển hàng từ cảng về kho, dao động từ 1 – 3 triệu đồng/container.
  
  

• Phí nâng hạ container (Lift On/Lift Off): khoảng 300.000 – 500.000 VNĐ/container.
  
  

• Phí lưu kho, lưu bãi (Storage & Demurrage Fee): tính theo ngày; nếu hàng thông quan chậm, chi phí này tăng rất nhanh.
  
  

• Phí dịch vụ đại lý hải quan: dao động từ 800.000 – 2.000.000 VNĐ/lô hàng, tùy độ phức tạp của hồ sơ.

Chi phí kiểm tra chuyên ngành và các khoản phát sinh khác

Một số loại hàng hóa khi nhập khẩu phải thực hiện kiểm tra chất lượng, kiểm dịch, kiểm tra an toàn thực phẩm hoặc chứng nhận hợp quy (CR, CQ). Những chi phí này thường bao gồm:

• Phí kiểm định chất lượng hàng hóa: từ 500.000 – 2.000.000 VNĐ/lô, tùy mặt hàng.
  
  

• Phí kiểm dịch thực vật, động vật: áp dụng cho hàng nông sản, thủy sản, thực phẩm tươi sống.
  
  

• Chi phí lấy mẫu và phân tích (Lab Test Fee): dao động từ 1 – 3 triệu đồng tùy loại sản phẩm.
  
  

• Phí cấp giấy phép nhập khẩu, giấy chứng nhận hợp quy: do các cơ quan chuyên ngành như Bộ Công Thương, Bộ Y tế, Bộ NN&PTNT… quy định.
  
  

Ngoài ra, doanh nghiệp có thể phát sinh thêm chi phí lưu container, phí chứng từ hãng tàu (Telex Release Fee), phí C/O form E hoặc form D, hoặc phí phát hành vận đơn gốc (B/L Fee).