Il museo è suddiviso in quattro sale: arte sacra compresa una cappella affrescata, archeologica, risorgimentale e della mafia. Il museo è in continua evoluzione, infatti, da poco si è aperta una sezione dedicata al pane votivo della Cena San Giuseppe. Il 14 dicembre 1982 una convenzione di durata quarantennale tra la Curia Vescovile di Mazara del Vallo e il comune di Salemi stabiliva che le opere d’arte provenienti dalle chiese del territorio salemitano, crollate o seriamente danneggiate dal terremoto che colpì la Valle del Belice nel 1968, venivano concessi in comodato al comune di Salemi che si impegnava ad esporle in un museo di arte sacra, ex Convento dei Gesuiti, del periodo del 600. Dunque i dipinti, sculture in marmo, il legno ed altri arredi sacri faticosamente recuperati dalle chiese del Carmine, di Santo Stefano, di San Tommaso, della Chiesa Madre, ecc. e in alcuni casi pazientemente restaurati continuavano ad essere fruiti attraverso la loro esposizione nel museo civico comunale. Inaugurato negli anni 80, dopo una serie di lavori di adeguamento e sistemazione dei locali. Nel 2007 il museo è stato ammodernato nella sua struttura interna e riorganizzato scientificamente con l’esposizione di ulteriori opere di notevole pregio artistico.

In alcuni vani limitrofi a quelli adibiti a Museo Civico si può ammirare un piccolo capolavoro costruito tra la fine del ‘600 ed i primi anni del ‘700 da Giovanni Biagio Amico su commissione di P. Ludovico Minimi (Perugia 1633 – Salemi 1725), Superiore del Collegio dei Gesuiti e, per circa 50 anni, Priore della Congregazione Lauretana. Si tratta di una copia fedele della Casa in cui la Madonna ricevette l’Annunciazione del suo concepimento e che gli Angeli, quando nel 1291 con la perdita di Acri e di Tiro gli ultimi Crociati furono costretti ad abbandonare i luoghi sacri, portarono prima a Tersatto, in Dalmazia e poi nelle Marche, in prossimità di un poggio ricco di arbusti di lauro e perciò dai locali conosciuto come il laureto, ovvero Loreto. Secondo i risultati di approfondite e circostanziate ricerche effettuate in tutto il mondo pare che un’altra copia simile si trovi a Praga.A partire dall’8 settembre 1705, giorno in cui fu ufficialmente inaugurata da Mons. Bartolomeo Castelli, vescovo di Mazara, fu sede della Congregazione Lauretana che, fondata nel 1686, fino ad allora era stata ospite in alcuni locali attigui messi a disposizione dalla citata Congregazione del SS. Crocifisso. La sua costruzione pare sia costata 8.000 scudi, pari a circa 2.000.000 di euro.Fra le cose notevoli scampate agli oltraggi del tempo e all’incuria degli uomini, degni di nota sono: una Madonna Nera con Bambino ricoperta da un prezioso drappo tessuto in oro ed un Altare in oro zecchino ricchissimo di reliquie ed impreziosito da un Tabernacolo di alabastro finemente lavorato. Sotto l’Altare riposa sin dal 1715 il corpo di San Vittoriano. Al piano superiore, cui si accede tramite una comoda scalinata, un grande vano un tempo dotato di scranni che i congregati utilizzavano per le riunioni periodiche. Anche qui, oltre ad un lucernaio aperto al centro del pavimento attraverso il quale, volendo, in incognito si poteva assistere alla Messa celebrata nella chiesetta sottostante, un Altare ricco di stucchi barocchi cui un infelice tentativo di restauro ha arrecato gravi offese.