De moderne wetenschap staat in het algemeen in hoog aanzien. Vooral de natuurwetenschap kan bogen op indrukwekkende resultaten op al haar gebieden. De vooruitgang in het Westen is in belangrijke mate te danken aan toepassing van kennis, die langs wetenschappelijke weg verworven is.
De grote plaats die de wetenschap in onze wereld heeft ingenomen, zou er makkelijk toe kunnen leiden dat we de wetenschap verheffen tot een universele bron van kennis en waarheid, tot de hoogste rechter in zaken van natuur en cultuur. Als we dat doen, dan maken we echter een grote fout. De moderne wetenschap bestaat bij de gratie van een nauwkeurig bepaalde methode. Ze gaat met behulp van empirische en wetenschappelijke methoden op zoek naar natuurwetten die verklaringen kunnen bieden voor natuurverschijnselen. Hierin ligt zowel haar kracht als haar beperking. Kracht, omdat het een hoge mate van objectiviteit en controleerbaarheid biedt. Beperking, omdat ze alleen iets kan zeggen over natuur(!)verschijnselen, over een klein deel van de werkelijkheid.
Een van de regels van de wetenschap luidt: voor wonderen is geen plaats.
En ook: Bij het zoeken naar verklaringen voor de natuurlijke wereld is het bovennatuurlijke automatisch verboden terrein
De moderne wetenschap is ontworpen om een ontwerper uit te sluiten. Elke aanwijzing voor het bestaan van God wordt a priori verworpen.
De moderne natuurwetenschap is naturalistisch en materialistisch: het geloof dat de materiële werkelijkheid de enige werkelijkheid is; er bestaat geen geestelijke, spirituele werkelijkheid. Alles laat zich verklaren als activiteit van de neuronen in onze stoffelijke hersenen; geest en het spirituele zijn een begeleidend verschijnsel. Dit zijn premissen van de wetenschap. Ze zijn niet in de natuur ontdekt, maar aan de natuur opgelegd; kortom, het zijn geloofsartikelen.
De bioloog Richard Lewontin:
‘We kiezen partij voor de wetenschap, hoewel sommige van haar concepten overduidelijk absurd zijn, ze veel van haar buitensporige beloften van gezondheid en een beter leven niet kan nakomen en de wetenschappelijke wereld te gemakkelijk gelegenheidsoplossingen tolereert die nergens op gebaseerd zijn. [We doen dat] omdat we ons bij voorbaat op een bepaald uitgangspunt hebben vastgelegd – het uitgangspunt van het materialisme. Het is niet zo dat de methoden en de regels van de wetenschap ons ertoe dwingen de waarneembare wereld in materiële zin te verklaren. Integendeel, juist omdat we ons er bij voorbaat op hebben vastgelegd dat er alleen materiële oorzaken bestaan, kunnen we niet anders dan onderzoeksinstrumenten en begrippen hanteren die verklaringen in materiële termen opleveren, hoezeer die misschien ook tegen de intuïtie indruisen en hoe raadselachtig niet-ingewijden ze ook mogen vinden. Bovendien laat dit materialisme geen uitzonderingen toe, want we kunnen niet toelaten dat een goddelijk wezen een voet tussen de deur krijgt.’
Het zal duidelijk zijn dat de natuurwetenschappelijke methode, geen 'natuurlijke', maar een 'kunstmatige' methode is. We hebben met elkaar afgesproken dat we op het gebied van de wetenschap op deze wijze kennis verwerven.
Om de implicaties van methodologisch atheïsme duidelijk te maken, gebruik ik de volgende analogie. Er was ooit een tijd - vóór de uitvinding van telescoop en microscoop - dat de wetenschapper voor zijn waarnemingen was aangewezen op het blote oog. Stel dat de wetenschappelijke gemeenschap ooit besloten had om de wetenschappelijke methode te beperken tot onze ongewapende oog (bijvoorbeeld op grond van een overtuiging dat instrumenten de waarneming alleen maar kunnen vervormen), dan hadden we nooit kennis gehad van de microkosmos, zoals we die nu kennen. Is het in die situatie gerechtvaardigd om te zeggen dat de microkosmos niet bestaat? Nee, natuurlijk niet. Het enige wat we gedaan hebben, is de kennis van de microkosmos uitsluiten van ons bewustzijn.
Zo is ook methodologisch atheïsme een opzettelijke keuze voor 'bewustzijnsvernauwing' of tunnelvisie.
Samengevat: De moderne wetenschapper kiest bij voorbaat (als vooronderstelling, als vooroordeel) voor de atheïstische positie. Hiermee sluit hij eventuele kennis van god of verklaringen op basis van bovennatuurlijke fenomenen bij voorbaat uit.