Tracer des courbes avec barres d'erreur (intervalles de confiance)
en langage R
- Tracer un graphique de type y = f(x) (fonction plot) et le mettre en forme
- Aller plus loin dans la mise en forme des graphiques
- Ajouter des courbes ou une régression linéaire
- Superposer d'autres informations (polygones, légende, ellipses...)
- Superposer les barres d'erreur ou intervalles de confiance
- Autres types de graphiques (logarithmiques, 3D, données calendaires...)
- Interfaces graphiques et graphiques interactifs
Superposer les barres d'erreur ou intervalles de confiance
Superposer les barres d'erreur ou intervalles de confiance
- PlotCI
- la fonction plotCI permet de tracer une courbe avec barres d'erreur
- Cette fonction est accessible dans le logiciel R via la library gplots
- Inconvénients : les barres d'erreur et les courbes sont du même type de trait.
- Paramètres :
- gap : espace entre les points et les barres d'erreur
- add = T ou add = F, permet d'ajouter une courbe plotCI au graphique précédent
- err : si err="x" les barres d'erreurs sont horizontales
- xlab et ylab : titre des axes
- xlim et ylim : limites des axes
- type : "o" pour points et lignes, "l" pour lignes et "p" pour points
- col : couleur de la courbe
- pch : type de points
# Etape 0 - si la librairie gplots n'a pas été installée dans le logiciel, faire : install.packages("gplots") # Etape 1 - charger la librairie dans le logiciel R library(gplots) # Etape 2 - tracer la courbe avec barres d'erreur plotCI(x, y, uiw=IC) # IC : liste des intervalles de confiance _ _ _ _ _ _ _ _ # exemple x = c(1,2,3,4); y = c(4,5,6,7); err = c(0.4,1,0.8,0.3) plotCI(x, y, uiw=err, type="o",gap=0) - Combiner plotCI et plot pour faire une courbe avec un type de trait différent de celui des barres d'erreur.
- Ne pas oublier le paramètres add qui permet d'ajouter une courbe sans l'écraser
# Tracer la courbes sans les points plot(x, y, type="l", lty=3) # Ajouter les barres d'erreur avec plotCI plotCI(x,y, uiw=IC, lwd = 2) # exemple x = c(1,2,3,4); y = c(4,5,6,7); err = c(0.4,1,0.8,0.3) plot(x, y, type="l", lty=3,ylim=c(0,10)) plotCI(x,y, uiw=err, lwd = 2,gap=0,pch=16,add=T) 