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Aide à l'utilisation de R
1- Prise en main
Accéder à l'aide de R
Les objets R
Les tableaux (data.frames)
Manipulation des bases de données dataframe avec tidyverse et dplyr
Les matrices
Les relations complexes (bases de données asymétriques)
Filtrer et trier des données avec R
Simuler des données avec R
Lois de répartitions sous R
Simuler des données avec {simstudy} sous R
Les analyses de puissance sous R
Établir un tableau de contingents - Croiser des variables
Ouvrir des données
Données manquantes, absentes ou vides sous R (NA)
Comment réorganiser des Données agglomérées avec une colonne par année
Les données de type texte
Basculer un tableau et convertir chaque ligne en feuille PDF en langage R
Programmer sous R
RmarkDown - Notebook - Jupyter
Programmer du R en langage naturel
2- Graphiques
Les graphiques (courbes et nuages de points (scatter plot))
Tracer et mettre en forme
Aller plus loin dans la mise en forme
Courbes multiples et régressions
Courbe de lissage sous R avec aire de confiance
Superposition d'informations
Graphique avec flèche extérieure à la zone graphique (avec le logiciel R)
Barres d'erreur et intervalles de confiance
Graphique avec barres d'erreur avec le logiciel R
Courbe moyenne avec barres d'erreur (intervalle de confiance)
Autres types de graphiques
Données calendaires temporelles avec R
Graphique en fonction du temps avec le logiciel R (exemple)
Axes irréguliers avec cassure ou échelle logarithmique
Graphiques 3D avec R
Heatmap en langage R
Heatmap avec R (carte thermique, cartographie d'activité, carte de chaleur)
Carte de densité en langage R
Graphiques à une dimension
Graphiques à bulles sous R
Interfaces graphiques
Interface graphique et graphique interactif avec R project CRAN
Diagrammes en barres
Tracer un diagramme en barres alias diagramme en bâtons
Annoter un diagramme en barres
Ajouter des barres d'erreur à un diagramme en barres
Diagramme en barres avec intervalles de confiance
Diagramme en barres avec lettres pour annoter la significativité des différences
Changer le type de diagrammes en barres avec R
Diagrammes à barres empilées horizontales et catégories différentes pour chaque barre
Diagramme en barres à barres accolées
Diagramme en bâtons à barres horizontales avec 2 axes
Diagramme à barres cumulées
Diagramme en bâtons avec barres regroupées, barres d’erreur et légende en R
Histogrammes, boîtes à moustaches et camemberts
Histogrammes
Histogrammes avec le logiciel R (exemple)
Boîtes à moustaches et diagrammes en violons
Diagramme en boîtes à moustaches (exemple)
Boîtes à moustaches à positions variables en fonction de x (logiciel R)
Diagramme en violon avec le logiciel R project
Diagrammes en camembert
Diagramme en camembert avec légende, valeurs et étiquettes superposées
Réaliser d'autres types de diagrammes
Dendrogrammes et clusters
Diagramme de Muller (Muller-plot)
Diagramme de Venn
Diagramme de Venn (exemple à 3 secteurs)
Diagramme en toile d'araignée
QQ-plot
Gérer les graphiques (combinaisons, forme et sauvegarde)
Combinaisons graphiques
Combinaison de trois graphiques
Diagramme ombrothermique avec le logiciel R project
Dataviz avec des librairies dédiées sous R
Visualiser des données BigData
Visualisation en coordonnées parallèles avec R
3- Statistiques
Tests de répartition sous R
Test de Kolmogorov-Smirnov sous R
Opérations statistiques de base
Un tuto simple pour l'analyse de données
Moyennes et intervalles de confiance
Moyennes ajustées avec R
Moyennes croisées avec la fonction means()
Comparer et étudier des effectifs et proportions en langage R
Test binomial
Test binomial appliqué à l'analyse sensorielle
Test du χ² (Khi2)
Test G
Test exact de Fisher
Discrétiser une variable quantitative pour en faire une catégorielle
Comparaison de moyennes avec R
Les tests post hoc sous R
Test de Student
Test de Wilcoxon-Mann-Witney sous R
Test de Newman-Keuls
Identifier les classes de moyennes/d'échantillons après les avoir comparer
Déterminer la taille de son échantillon pour une expérience
Application en boucle d'un Student
m.test une fonction R qui choisit les tests statistiques à réaliser
Test de Tukey et PPDS en langage R
Test de Scheffé en langage R
ANOVA (Analyse de la variance)
Paramétrer son ANOVA sous R
Tests statistiques avec R
Correction des p-values en fonction du nombre de tests statistiques
Machine learning (biostatistiques, analyse de données)
Analyse en composantes principales et autres réductions dimensionnelles
Visualiser ses résultats d'ACP avec la librairie ade4
Visualiser des résultats d'ACP avec factoextra
La rotation Varimax
Analyse discriminante linéaire (LDA)
Analyse Factorielle des Correspondances (AFC) en langage R
tSNE en langage R
Analyse en Composante Principales sur données manquantes
Analyse Factorielle de Données Mixtes AFMD en langage R
Regroupement, Catégorisation et Classification
Regroupement/clustering sous R
Cluster en Heatmap à dendogrammes
Pswarm - Polar swarm
Regroupement(clusterisation) des variables avec R
Clusterisation en réseau
DBSCAN en langage R
Regroupement HCPC de FactoMineR en langage R
Classifications/catégorisations sous R
Visualiser des catégories/classes
Régressions linéaires avec R
Régressions linéaires et bootstrap sous R - consolidation de modèles
Corrélogrammes sous R avec prise en compte de la p-value
corrigraph() une fonction pour comprendre les relations entre variables
Validation de modèle de régression linéaire avec R
Estimer l'erreur entre deux méthodes
Régressions généralisées sous R avec glm()
Modèles mixtes sous R - Construction, Validation, Interprétation
Gérer les données discrètes
4- Applications
Agronomie avec R
Plans d'essais agronomiques en langage R
Physiologie végétale
Etude de la réaction de Hill
Etude de l'effet d'un paramètre sur la germination
Etude de l'imbibition de graines en cours de germination
Analyse de l'activité α-amylase de graines
Etude de la levée de graines en fonction de la profondeur
Effet de la densité et des mauvaises herbes (croissance)
Etude de la longueur du coléoptile en fonction de la profondeur
Ordre d'apparition des feuilles (développement)
Agriculture de précision avec R
Charger des données satellitaires avec Pix4Dfields
Biochimie
Réaliser une gamme étalon avec le logiciel R project
Ecart-relatif moyen
Chromatogramme de filtration sur gel
Courbe de titrage/titration avec le logiciel R project
Cinétique michaélienne
Analyser une électrophorèse SDS-PAGE
Courbe d'évolution avec intervalles de confiance
Cartographie
01 - Bases de cartographie
Cartographier un département de France
Carte avec routes réalisée avec le logiciel R
Carte d'une région du monde (exemple : Irlande)
Carte du monde avec R
Package sf et cartography avec R
02 - Aller plus loin (fond de carte vectoriel et automatisation)
2.1- Ouvrir un fond de carte vectoriel
Carte de la Dordogne colorée par compilation de données INSEE
Carte historique de l'Europe
2.2 - Carte à partir de données d'un tableur
Croiser des identifiants - Couper des données - Afficher la légende
2.3- Cartes et métadonnées
03 - Multicouches
04 - Images Satellites
05 - Carte 3D et interactives
06 - Réaliser un plan avec R et superposer des données
Projections cartographiques avec R
Dynamiques des populations avec R
Géographie
Faire des méta-analyses avec R
Intégrer chatGPT dans R
Plans d'expériences
Qualité
Diagramme de Pareto
Réaliser un diagramme de causes à effet
Carte de contrôle (Control Chart)
Diagramme de GANTT
Analyse métrologique des Six Sigmas
Etudier des rendements
Traitement et analyse d'images avec R
Histogramme d'une image
Filtrer une image en fonction d'une ou plusieurs couleurs
Traitement de signaux sous R
Textmining en langage R
Analyse automatique du plagiat avec R
Méta-analyses en langage R
Comparaison de produits de consommation avec R
Se former à R
Faire traiter et analyser ses données !
Database
KefiR, un package R pour simplifier les statistiques
Code-sources de fonctions personnelles de la librairie KefiR
Diagnostic
Aide à l'utilisation de R
4- Applications diverses avec R
Agronomie
Biochimie
Cartographie
Dynamique des populations
Géographie
Méta-analyses
Plans d'expérience
Qualité et Gestion de projets
Traitement et analyse d'images
Traitement de signal
Text-mining
Comparaison de produits de consommation
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