Etude de l'imbibition de graines en cours de germination
Le graphique à réaliser :
Mots clefs : courbe avec intervalles de confiance avec le logiciel R - R Project CRAN - avec barres d'erreur - intervalles de confiance - graphique avec flèche d'annotation - couleurs - type de trait et de points - librairie plotCI (gplots)
Librairie nécessaire : gplots
Les données traitées dans l'exemple
Les masses de 5 graines ont été mesurées à intervalles réguliers afin de voir quelle était l'augmentation de la masse liée à l'imbibition.
Objectif : tracer un graphique exprimant en 5 courbes les taux d'augmentation de la masse des 5 graines en fonction du temps et d'y repérer le démarrage de l'hydrolyse.
Mise en forme : les données doivent être mises en forme dans le tableur selon l'exemple suivant :
Sauvegarder ensuite sous le format suivant :
Sous excel : enregistrer sous et choisir le format texte .txt tabulé
Sous OpenOffice : enregistrer sous et choisir le format .CSV texte et préciser le séparateur de chaînes {Tab}
Remarque : toutes les virgules sont à remplacer par des points !!!
Exemple de mise en forme des données dans un tableau
A- Le traitement des données
1- Ouvrir les données sous R
# Ouvrir le fichier tabulé
setwd("C:/adresse")
file = read.xlsx ou read.table ou read.csv...
colnames(file)
# Puis renommer les autres colonnes pour ne plus avoir à taper file$Temps mais plus temps Temps, Masse ou Graine
Une commande sympathique : tester
attach(file) # Remarque toujours faire rm(list=ls()) puis ouvrir le fichier avant attach pour nettoyer la mémoire.
Pour créer des vecteurs portant le nom de chaque colonne !
2- Les masses sont converties en masses relatives
# Chaque masse est corrigée en un % de croissance par rapport à la masse initiale de la graine
poids_rectified = Masse/Masse[Graine]*100-100
3- Calculer les moyennes et les intervalles de confiance pour chaque modalité (temps)
moyennes = by(poids_rectified, Temps,mean) # moyennes référence les poids moyen pour chaque temps
temps_unique <- as.numeric(names(moyennes)) # Récupère les valeurs de temps correspondant à chaque moyenne
ic <- by(poids_rectified, Temps,int.ech) # Il faut aller chercher la fonction int.ech() et la copier-coller avant
B- Le tracé des diagrammes en barres
1- Tracer le graphique (5 courbes)
# ETAPE 1 - Ajouter la courbe 1 -
plot(Temps[Graine==1], poids_rectified[Graine==1], type="o")
# type = "o" ajoute directement ligne et points
# Ajouter les autres paramètres col, pch, lwd, lty, xlim, ylim, xlab, ylab...
# Rappels sur le paramètres, cf. aide
# ETAPE 2 - Ajouter les autres courbes - utiliser la commande points
points(Temps[Graine==2], poids_rectified[Graine==2])
# Ajouter les autres paramètres, type, col, pch, lwd, lty
2- Ajouter la courbe moyenne avec barres d'erreur
Il faut installer gplot avec la commande install.packages("gplots") mais aussi comprendre comment marche la fonction plotCI() de cette librairie.
library("gplots")
plotCI(temps_unique,moyennes,uiw=ic,add=TRUE)
plotCI : aller plus loin dans la mise en forme (avec gap = 0) par exemple
3- Ajouter une flèche pour indiquer le démarrage de l'hydrolyse
3.1- Code qui marche pour R, mais pas pour RStudio (fonction locator() non fonctionnelle chez RStudio).
# Pour indiquer le démarrage de l'hydrolyse sur la courbe la plus représentative
cat("Cliquer sur le début de la flèche")
debut = locator(n=1)
cat("Cliquer sur la fin de la flèche")
fin = locator(n=1)
arrows(debut$x,debut$y, fin$x,fin$y, angle = 20, lwd=2, length=0.1)
cat("Cliquer sur la zone du texte à afficher")
l = locator(n=1)
text(l$x,l$y, "Démarrage de l'hydrolyse")
3.2- Code qui marche pour RStudio
# Pour ajouter a flèche manuellement : remplacer les valeurs ci-dessous
arrows(4.25,40, 5, 22, angle = 20, lwd=2, length=0.1)
text(4,42, "Démarrage de l'hydrolyse")