Ouvrir des données issues d'un tableur avec R

• • Les données que l'on charge sous R doivent être des data.frames, c'est à dire-présenter un certain nombre de colonnes de tailles égales.

  • Si les données sont issues d'un tableur, elles doivent être exportées au format texte (.csv, .txt ou .tsv).

    • sous Excel --> Faire Fichier et Enregister sous --> Type : Texte (séparateur : tabulation) (*.txt)

    • sous OpenOffice (LibreOffice) --> Faire Fichier et Enregister sous --> Type : Texte CSV (.csv) (*.csv) --> Cocher "Editer les paramètres du filtre" --> Puis sélectionner dans la fenêtre Export de fichier texte l'option "Séparateur de champ" {Tab}

    • sous Google sheets (Google docs) --> Fichier et Télécharger au format --> Valeurs séparées par des tabulations (.tsv, feuille active)

  • Les nombres à virgules (réels) ne sont pas reconnus par le logiciel R en tant que chiffre : il faut donc remplacer les "," par des points "." :

    • Cliquer-droit sur le fichier texte crée --> Ouvrir avec --> Bloc-notes

    • Faire remplacer (ctrl+H) et remplacer toutes les "," par des "."

Si les données sont mal agencées, ou l'on refait son tableur ou l'on fait appel à du code tel le code qui agglomère les données année par année avec autant de colonne que d'années.

• Définir le répertoire courant (le dossier où se trouve le fichier de données que l'on désire ouvrir)

setwd("C:/Users/") 

• Afficher le répertoire courant

getwd() 

• Afficher les dossiers présents dans le répertoire courant

dir() 

• Afficher les fichiers présents dans le répertoire courant

list.files()

• Créer un dossier

dir.create("nom_du_dossier") 

• Créer un fichier

file.create("nom_du_fichier")

• Voir le contenu d'un fichier

file.show("nom_du_fichier") 

• Supprimer un fichier

file.remove("nom_du_fichier") 

• Ouvrir un tableau

  • Il faut donner impérativement un nom au tableau que l'on ouvre (ici dans l'exemple file)

  • Il ne faut pas oublier l'extension du fichier dans le nom du fichier .txt ou .csv...

  • sep : est le séparateur qui sépare les données ("\t" implique que le séparateur est une tabulation)

  • header=T : cela implique que R va prendre en compte le titre des colonnes

  • dec pour indiquer que les , séparent les décimales

file = read.table("tab.txt", sep="\t", header=T, dec=",")

#Autre commande équivalente autorisant les longues chaînes de caractères (évite le message d'erreur plus de colonnes que de noms de colonnes

file = read.csv2("tab.txt", sep="\t", header=T)

# Commande intéressante, on peut tout simplement mettre file.choose() à la place du nom du tableau ==> cela ouvre l'explorateur : inutile alors de taper un nom complet et de définir un répertoire avec setwd()

file = read.table(file.choose (), sep="\t", header=T) 

• Changer le séparateur de données

file = read.table("tab.txt", sep="\t") # tabulations

file = read.table("tab.txt", sep="\n") # retour à la ligne

file = read.table("tab.txt", sep=";") # points virgules

file = read.table("tab.txt", sep=",") # virgules 

• Indiquer le séparateur des unités et des décimales

  • Par défaut, c'est un point

  • On peut en revanche, signaler à R de considérer les virgules comme des points

file = read.table("tab.txt", dec = ",") 

• Récupérer le contenu d'une colonne d'un tableau

  • Le nom du tableau doit alors précéder le nom de la colonne séparé de $ (dollar)

  • Attention : respecter scrupuleusement le nom des colonnes (majuscules et accents)

# Si le tableau s'appelle toto et qu'une colonne de toto s'appelle titre1

toto$titre1

# exemple

toto <- data.frame(t1=1:6, t2=rnorm(6))

colnames(toto) ; toto$t1

• Voir les données !

View(toto)

install.packages("openxlsx")

library("openxlsx")

read.xlsx()

Remarque : si ce fichier présente des données de type texte, on peut activer leur reconnaissance de la façon suivante :

data <- read.xlsx(file.choose(),detectDates = FALSE)

Il faudra envisager une conversion du temps avec la fonction hms() pour éviter d'avoir une valeur de l'heure étrange.

library(hms)

data$hour <- hms(data$hour)

Cette fonctionnalité permet d'ouvrir un tableau mis à jour par d'autres utilisateurs 

Exemple : un questionnaire google form.

# Source : http://www.opiniomics.org/reading-data-from-google-sheets-into-r/

install.packages("googlesheets4")

library(googlesheets4)

# Consulter l'aide du package pour aller plus loin

Exporter des données avec la commande write.

• Sauvegarder des données de type data.frame (tableau)

  • row.names : ne pas garder les noms des lignes

noms = c("bla","blo")

prenoms = c("bli","blu")

x = data.frame(noms, prenoms)

write.table(x,"output.txt",sep="\t", row.names = FALSE)