Etude de la longueur du coléoptile en fonction de la profondeur
Le graphique à réaliser
Librairie nécessaire : gplots
Les données traitées dans l'exemple
Des boîtes contenant 12 graines ont été mises en terre pour différents niveau de profondeur : Profond (P), Moyen (M) et Superficiel (S) à raison de 2 boîtes pour chaque condition.
Objectif : tracer un diagramme en barres exprimant les 3 longueurs moyennes des coléoptiles pour ces 3 conditions.
Mise en forme : les données doivent être mises en forme dans le tableur selon l'exemple suivant :
Sauvegarder ensuite sous le format suivant :
Sous excel : enregistrer sous et choisir le format texte .txt tabulé
Sous OpenOffice : enregistrer sous et choisir le format .CSV texte et préciser le séparateur de chaînes {Tab}
Remarque : toutes les virgules sont à remplacer par des points !!!
Un exemple simulé est téléchargeable ici: TP3_levee_coleoptile.txt.
Exemple de mise en forme des données dans un tableau
A- Le traitement des données sous le logiciel R : Le traitement des données nécessaire
Ouvrir le fichier (fonction setwd et read.table)
Récupérer le contenu de chaque colonne dans des objets : Profondeur, Modalite, L_coleoptile - fonction attach()
Récupération des données de longueur moyenne de coléoptiles par profondeur testée
Récupération des intervalles de confiance des longueurs de coléoptiles par profondeur testée
Regrouper les moyennes dans un vecteur et regrouper les intervalles de confiance dans un autre vecteur
Vous allez ensuite pouvoir avoir 2 approches :
Option 1 - Vous voulez rester un novice :
Réaliser un test de significativité pour comparer ces moyennes à un témoin. (cf. : test T de Student).
Cela revient à comparer à chaque fois 2 échantillons (1 échantillon à l'échantillon témoin) : voici une démarche complète.
Option 2 - Vous voulez avoir une démarche scientifique accomplie
Etablir une comparaison des moyennes en suivant une démarche de comparaison de plusieurs échantillons.
B- Le tracé du graphique
Tracer le diagramme en barres et le mettre en forme
Ajouter les intervalles de confiance ou barres d'erreur (fonction arrows)
Ajouter éventuellement une légende
Ajouter les étoiles de confiance ou des lettres si les résultats sont significatifs en fonction des p-values calculées par le test de Student
Remarque :
des étoiles de significativité si on a choisi de comparer à un témoin (option 1)
des lettres si on a comparé les moyennes entre elles (option 2).