Au lieu d'installer le R classique (R commander), on peut installer RStudio : ce dernier a des avantages et des inconvénients plus simple d'utilisation, plus facile de retrouver des commandes, de décrire des objets, mais limiter dans la gestion des fenêtres graphiques (taille, interactivité).

Un des gros avantages de RStudio est la fenêtre en haut à droite qui permet d'avoir un descriptif des objets

Les dernières versions de RStudio proposent une version WYSIWYG (qui permet de voir le résultat de son écriture comme dans un traitement de texte classique).

Actuellement au moment de la màj de cette page (décembre 2021) : le mieux est la dernière version de RStudio.

Mettre le dictionnaire du correcteur d'orthographe de RStudio en Français.

Faire Tools/Global options et sélectionner Spelling.

Choisir un nouveau dictionnaire pour mettre le français.

• Lien extérieur

Grossièrement : il y a deux types de régions à mettre dans un notebook.

1. Les zones de textes, qui apparaîtront comme le corps du texte du compte-rendu Rmarkdown.

2. Les zones de code ou chunk, qui apparaissent en grisé.

2.2.1- Les zones de texte

2.2.2- Les zones de codes ou chunk

Des options vont permettre de rendre le code invisible ou visible dans le compte-rendu édité :

{r echo=TRUE} # CODE VISIBLE ET RESULTAT AUSSI

{r echo=FALSE} # CODE INVISIBLE ET RESULTAT VISIBLE : idéal pour insérer une figure

{r include=FALSE} # CODE INVISIBLE ET RESULTAT INVISIBLE

{r warning=FALSE} # MESSAGE D'ALERTE INVISIBLE

{r message=FALSE} # MESSAGE DE SORTIE INVISIBLE

# AFFICHER SCRIPT, MASQUER LES SORTIES DE FONCTIONS (output)

{r echo=TRUE, results='hide'} 

{r eval=FALSE} # Le chunk ne sera pas exécuté durant la compilation. 

Remarque : pour ajouter plusieurs arguments, il faut les séparer d'une virgule !

Ex :

{r echo=TRUE, warning=FALSE} 

On va ainsi pouvoir taper un exemple qui générera un histogramme.

```{r}

x <- rnorm(120) # Un commentaire dans une zone R est précédé d'un #

hist(x)

```

• Chaque ligne d'une zone R peut être exécutée individuellement avec : ctrl + entrée

• Toutes les lignes d'une zone R peuvent exécutée avec : ctrl + shift + entrée

• Le notebook peut être édité intégralement : ctrl + alt + R

• Le notebook html est créé avec Preview.

Attention de laisser une espace entre chaque zone R.

Voici 2 exemples : l'un dont le code est complet pour obtenir un notebook viable, l'autre directement ouvrable et publiable au format RMD

Exemple 2 - Cliquer pour télécharger un RMD complet déjà fait sur le TP1 germination de ce site.

Voir le compte-rendu édité au format pdf.

Quand je veux publier mon rapport au format pdf pour la première fois, ça ne marche pas ? Que dois-je faire ?

Il suffit de taper (ou copier-coller) directement dans la console R/RStudio le code suivant :

tinytex::install_tinytex()

J'ai un message d'erreur qui parle de LaTeX et de kpathsea lorsque je tente de compiler mon pdf !

• Essayer de taper cela dans la console !

tinytex:::install_prebuilt() 

• source extérieure

J'ai message d'erreur xfun::normalize_path lorsque je tente de compiler mon pdf avec knitr.

Je rencontre ce message d'erreur :

Erreur dans xfun::normalize_path(path, ..., must_work = must_work, resolve_symlink = FALSE) : 

  argument inutilisé (resolve_symlink = FALSE)

Appels : <Anonymous> -> normalize_path

Essayer le code suivant pour mettre tous les packages R à jour.

update.packages(checkBuilt =TRUE, ask = FALSE) 

Sinon, essayer de supprimer le packages xfun.

remove.packages("xfun")

• source extérieure

Je ne réussis pas à installer une librairie sous RStudio. Que pour forcer l'installation d'une librairie sous RStudio ?

En général, le plus simple est d'ouvrir R GUI = R classique (pas RStudio) et d'installer ma librairie dans la console R :

install.packages("ma_librairie")

Ensuite, à chaque fois que j'aurais besoin de ma librairie dans RStudio je vais dans R et je fais ;

library("ma_librairie")

Penser aussi  à vérifier la connexion internet et vérifier aussi que R est à jour !

Je souhaite justifier le texte dans Rmarkdown et mettres des alinéas

• Pour justifier le texte : je colle le code suivant (en gras) juste en-dessous de l'encadré où est le titre du Rmarkdown :

---

title: 'Mon_titre'

author: "AM"

date: "April 1, 2021"

output: html_document

---

<style>

body {

text-align: justify}

</style>

• Pour mettre un alinéa : il suffit que je précède toute phrase du caractère &nbsp; (plusieurs fois)

Ensuite, à chaque fois que j'aurais besoin de ma librairie dans RStudio je vais dans R et je fais ;

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Cette phrase commence avec un alinéa.*

• Source extérieure

Je souhaite centrer les données lors de l'affichage d'un tableau data.frame

• Voici un exemple de chunk qui affiche un tableau aux données centrées dans rmarkdown

library(knitr)

data("iris")

kable(iris[1:5,],align=c(rep('c',times=5)))# 5 nombre de colonnes

• source extérieure

Comment centrer et redimensionner un graphique dans Rmarkdown ?

• Voici un exemple de chunk qui affiche un graphique centré et redimensionné manuellement (largeur et hauteur)/

{r fig1, fig.height = 4, fig.width = 4, fig.align = "center"}

data("iris")

plot(iris[,1],iris[,2])

• source extérieure

Comment citer une variable dans le texte hors d'un chunk ?

Si je veux directement voir le contenu d'une variable glissé naturellement au milieu du texte.

Je fais la chose suivante, je me mets en mode Source (non visuel) et je tape `r nom_de_ma_variable`.

Remarque : ` se tape en faisant altGr+7

En développement.

L'avantage d'utiliser Jupyter, c'est que cet outil marchera aussi pour d'autres langages comme Python et Julia.

Il suffit de taper la commande suivante dans la console de RStudio :

knitr::purl("fichier.Rmd")