Analyser une électrophorèse SDS-PAGE

# Exemple - chargement de données

PM_marqueurs = c(194000,132000,90000,73700,60000,48000,40200)

logPM_marqueurs = log10(PM_marqueurs)

Rf = c(0.6,1.43,2.36,2.8,3.37,4.74,5.79)

x_lab = "Rapports frontaux"

y_lab = "log(PM)"

plot(Rf,logPM_marqueurs ,xlim=c(min(Rf),max(Rf)),ylim=c(min(logPM_marqueurs),max(logPM_marqueurs)),pch=16,cex=1.5,font.lab=2,ylab=y_lab,xlab=x_lab,lwd=1, main="log(PM) de marqueurs en fonction de \nleurs rapports frontaux identifiés par SDS-PAGE",cex.main=0.8)

# pch : type de points (ici des croix avec pch=4)

# cex=1.5 (taille de la police) - cex.main : taille du titre

# font.lab : indique si les titres des axes sont normaux (1) , en gras, italique ou les 2 (4).

# xlim et ylim : valeurs min et max pour les 2 axes

# Cette commande qui suit permet de quadriller le graphique

panel.first = grid()

# Calculer la régression 1 - ici cette régression est sur les 4 premiers points

regression1 = lm(logPM_marqueurs [1:4]~Rf[1:4] )$coefficients

# Tracer la régression 1

abline(regression1,col="blue",lwd=2,lty=3)

cat("Equation de la régression 1 : ",regression1,"\n")

# Afficher l'équation de la droite sur le graphique : position à définir manuellement

text(2.5,5.2,paste("Equation de la droite\ny =",round(regression1[2],3),"x + ",round(regression1[1],3))) 

# text(x,y,"text") : x et y donnent les coordonnées où s'affiche le texte.

# round permet d'arrondir les valeurs de a et b

# paste permet d'afficher les valeurs agglomérées avec du texte.

# Calculer et tracer la régression 2

regression2 = lm(logPM_marqueurs [5:7]~Rf[5:7] )$coefficients

cat("Equation de la régression 2 : ",regression2,"\n")

abline(regression2,col="blue",lwd=2,lty=3)

text(4.5,4.85,paste("Equation de la droite\ny =",round(regression2[2],3),"x + ",round(regression2[1],3))) 

a_reg1 = regression1[2]

b_reg1 = regression1[1]

a_reg2 = regression2[2]

b_reg2 = regression2[1]

x_intersection = (b_reg2 - b_reg1)/(a_reg1 - a_reg2)

abline(v= x_intersection, lty="dotted")

# Identifier le log(PM) d'une molécule dont on connait le rapport frontal

Rf_moleculeX = 3 # ici ce rapport frontal est de 3.

# Comme ce rapport frontal est inférieur à x_intersection : on va utiliser l'équation de la 1ère régression.

logPM_moleculeX = a_reg1 * Rf_moleculeX + b_reg1

points(Rf_moleculeX, logPM_moleculeX, pch=16, col="red")

arrows(Rf_moleculeX,min(logPM_marqueurs),Rf_moleculeX,logPM_moleculeX,code=0, lty="dotted", col="red",lwd=2)

arrows(min(Rf),logPM_moleculeX,Rf_moleculeX,logPM_moleculeX,code=0, lty="dotted", col="red",lwd=2)

# Calculer le PM de la molécule

PM_moleculeX = 10^logPM_moleculeX

cat("Le poids moléculaire de la molécule est de : ",PM_moleculeX)