Ajouter des annotations sur un graphique R 

• Légender : ajouter une légende à un graphique déjà tracé

# Un exemple de graphique

plot(x=rnorm(20,75,3),y=rnorm(20,175,4),xlab="Poids (kg)",

ylab="Taille (cm)",col="cyan",pch=0,xlim=c(50,90),ylim=c(130,190),cex=2)

points(x=rnorm(20,60,3),y=rnorm(20,160,4),col="pink",pch=15,cex=2)

#Ajouter une légende en bas à droite

legend(x="bottomright", legend=c("hommes","femmes"), col=c("cyan","pink"), pch=c(0,15))

• Tracer une légende seule sans  graphique (exemple)

# Ce code va tracer une image png avec une légende seule à l'adresse disponible avec getwd()

png("legend.png",width=2000,heigh=1000)

taille = 3

plot(-1,1,type="n",axes=F,xlab="",ylab="")

legend(x="topright",legend=c("Ambassade","Légation","Consultat général","Consultat","Vice-consulat"),

,pch=c(0,15,2,17,17),bg="white",pt.cex=c(taille*1.5,taille,taille,taille,taille/3*2),

cex=2,text.width=0.8,border="white",bty = "n")

dev.off()

getwd()

• Faire une légende avec un gradient de couleurs

• cf. l'exemple ci-dessous

• Ajouter une annotation au point de coordonnées (x, y) 

  • font : permet de modifier le style d'écriture 

    • (font = 3 <=> italique)

  • cex :  taille d'écriture

  • adj = c(0.5,0) permet de centrer le texte - la première valeur est le centrage horizontal (ici : 0.5 veut dire centré) - la deuxième valeur et le centrage vertical (ici : 0 veut dire aligné en haut)

# Ecrire inclinaison au point de coordonnées x=4 et y=80   

x = c(1:4) ; y = c(78:81)

plot(x,y,type="o",col="orange",pch=18)

text(3, 79, "Inclinaison",cex=1.2,font=3) 

• Afficher sur un graphique la description de variables avec la commande text() 

x = c(1:4) ; y = c(2:5)

plot(x,y,type="o",col="green",pch=17)

text(2,3.5,paste("Valeur moyenne de x :",round(mean(x),0))) 

# text ajoute une annotation en position 2,3 (dans l'exemple)

# paste permet de combiner texte et valeurs calculées

• Ajouter des formules, des expressions, du texte en indice ou en exposant

  • Pour aller plus loin : chercher sur internet :  expression, annotate, plotmat, bquote, library ggplot 

x = c(1:4) ; y = c(2:5)

axe_x = expression(A[505]) # les crochets []mettent 505 en indice

axe_y = expression(Concentration~~en~~mol.L^-1)

# ~~ pour les espaces ici mol.L-1 voit -1 mis en exposant grâce au ^

plot(x,y,xlab=axe_x,ylab=axe_y,type="o",col="red",pch=16

# Simuler des données x et y et 2 catégories (pour l'exemple)

x <- rnorm(100,20,3) ; y <- rnorm(100,10,6) 

categories <- rep("Males",100) ; categories[x>20&y<10] <- "Femelles" 

data <- data.frame(abscisses = x, ordonnées=y, groupe = categories);head(data)

# Tracer les données simplement sans ellipse

install.packages("ggplot2");library(ggplot2)

ggplot(data, aes(x=abscisses , y=ordonnées)) + geom_point()

# Regrouper tous les points dans une ellipse

ggplot(data, aes(x=abscisses , y=ordonnées)) + geom_point()+stat_ellipse()

# Regrouper les points par catégorie (Femelles et Males)

graphique <- ggplot(data, aes(x=abscisses , y=ordonnées,color=groupe)) +   geom_point()

# Tracer

graphique + stat_ellipse()

# Autre exemple : regrouper selon un critère vrai ou faux

graphique <- ggplot(data, aes(x=abscisses , y=ordonnées,color=ordonnées>8)) +   geom_point()

graphique + stat_ellipse()

# Exemple de valeurs simulées (4 catégories) à copier tel quel

x <- rnorm(200,1,2);y <- rnorm(200,1,2);plot(x,y)

#Fonction de définition d'un cercle pour simuler une categorie pour une zone circulaire

circu = function(xx, yy, r){ind = sqrt( (x-xx)^2 + (y-yy)^2 )<r ; return (ind)}

categories  =rep("neutre", 200) ; ind = circu(2.5,2.5,2.5) ;

categories[ind] <- "acide"; ind = circu(-2,-2,1.5) ;

categories[ind] <- "basique";ind = circu(0.5,-0.25,1) ;

categories[ind] <- "atypique";color = categories;j = 0

# Faire correspondre une couleur à chaque catégorie

for (i in unique(categories)) {j = j+1;color[categories == i] <- j}

# Afficher le graphique

plot(x,y,col=color)

# Tracer les ellipses avec mixtools

install.packages("mixtools")

detach("package:ellipse") # inactiver la librairie ellipse (si utilisée)

library(mixtools)

# Une couleur par ellipse

j=0

for (i in unique(categories)) {

    j = j+1

    catego <- data.frame(x=x[categories == i],y=y[categories == i])

    ellipse(mu=colMeans(catego), sigma=cov(catego), alpha = .05, npoints = 250, col=j) 

}

# Reprise et amélioration de la fonction disponible sur

# https://chitchatr.wordpress.com/2011/12/30/convex-hull-around-scatter-plot-in-r/

# Version 3

convexhull<-function(x, y, col="#00000000",border="black",lwd=lwd){

  hpts <- chull(x = x, y = y)

  hpts <- c(hpts, hpts[1])

  polygon(x[hpts], y[hpts],col=col,border=border,lwd=lwd)

} 

x <- rnorm(200,3,3)

y <- rnorm(200,3,3)

x1 <- rnorm(200,10,2)

y1 <- rnorm(200,0,2)

plot(x,y,xlim=c(-10,15),ylim=c(-10,15),col="#FFAAAA",lwd=2,pch=16,cex=1.5)

points(x1,y1,col="blue",pch=16)

convexhull(x = x, y = y,border="red",lwd=2,col="#FF000066")