Etude de la levée de graines en fonction de la profondeur
Le graphique à réaliser
Librairie nécessaire : gplots
Les données traitées dans l'exemple
Des boîtes contenant 12 graines ont été mises en terre pour différents niveau de profondeur : Profond (P), Moyen (M) et Superficiel (S) à raison de 2 boîtes pour chaque condition.
Objectif : tracer un graphique exprimant en 3 courbes le nombre de graines fermées en fonction de la température cumulée (T_cumul)
Mise en forme : les données doivent être mises en forme dans le tableur selon l'exemple suivant :
Exemple de mise en forme des données dans un tableau
Sauvegarder ensuite sous le format suivant :
Sous excel : enregistrer sous et choisir le format texte .txt tabulé
Sous OpenOffice : enregistrer sous et choisir le format .CSV texte et préciser le séparateur de chaînes {Tab}
Remarque : toutes les virgules sont à remplacer par des points !!!
Un exemple simulé est téléchargeable ici: TP3_levee.txt.
A- Le traitement des données sous le logiciel R
1- Ouvrir les données sous R
Étape 1 - Ouvrir le fichier tabulé
cf. aide sur l'ouverture de fichiers
Étape 2 - Récupérer éventuellement le contenu de chaque colonne dans des vecteurs nommés T_cumul, Levee, Profondeur avec la commande attach()
2- Calculer la proportion de graines germées par boîte en fonction de la profondeur et de la température cumulée
Étape 1 - Utiliser la fonction by() pour calculer la germination moyenne pour chaque condition de profondeur en fonction de la température cumulée
Étape 2 - Diviser le nombre moyen de graines germées par le nombre de graine par boîte (en théorie 6 par pour boîte pour deux boîtes) et multiplier le tout par 100 pour avoir la proportion de graines germées
3- Calculer les intervalles de confiance sur des proportions
Il faut utiliser la fonction int.prop() pour calculer les intervalles de confiance car on va raisonner ici sur un pourcentage de germination.
Cette fonction s'applique à tout pourcentage (entre 0 et 1, calculé à l'étape 1 précédente) en précisant le nombre de graines qui a permis de les calculer (12 graines si 2 boîte de 6 graintes) et la confiance (0.95 si 95%).
4- Calculer la température cumulée correspondant à la demi-germination
Identifier la demi-germination : valeur correspondant à 50% des graines germées en condition de surface
Dans cet exemple result_Surface représente les proportions de germination en surface pour les différentes températures
Dans cet exemple temp_Surface représente les températures cumulées correspondant à ces différentes proportions.
demi_germination = max(result_Surface)/2
Calculer l'abscisse à l'ordonnée correspondant à 50% de levée par rapport au nombre total de graines germées
On se contente de projeter la demi-germination sur la courbe dont on calcule localement l'équation
1) mini : valeur x du point à gauche de la demi germination
mini = max(T_cumul[which(result_Surface<=demi_germination)])
2) maxi : valeur x du point à droite de la demi germination
maxi = min( T_cumul [which( result_Surface >=demi_germination)])
3) récupération des valeurs y correspondant à x et y
mini_y = result_Surface [which( temp_Surface ==mini)]
maxi_y = result_Surface [which( temp_Surface ==maxi)]
4) Régression linéaire entre mini et maxi afin de trouver la température cumulée correspondant à la demi-germination
if (mini == maxi) {demi_temperature = temp_Surface[which(result_Surface==demi_germination)]
}else {
regression_a = (maxi_y-mini_y)/(maxi-mini)
regression_b = maxi_y-maxi*regression_a
demi_temperature = (demi_germination-regression_b)/regression_a
}
demi_temperature
B- Le tracé du graphique : L'affichage des trois courbes et des annotations
1- Tracer le graphique (3 courbes)
Étape 1 - Tracer les lignes du graphique
Utiliser la fonction plot (x,y, type="l") et ajouter d'autres courbes avec la fonction points()
cf. aide pour mettre en forme le graphique
Étape 2 - Charger la librairie gplots qui permet d'utiliser la fonction plotCI
plotCI permettra d'ajouter les barres d'erreur sur la courbe
Étape 3 - Utiliser la commande plotCI(x, y, uiw) pour ajouter les points + intervalles de confiance
2- Ajouter la légende
3- Ajouter des segments indiquant les valeurs de demi-germination
Utiliser la fonction segment pour tracer les segments indiquant sur le graphique la demi-germination et la température cumulée qui lui correspond