Gérer les graphiques avec R

# ATTENTION : l'image sera sauvegardée dans le répertoire source dont on peut obtenir l'adresse avec getwd() ou qu'on peut redéfinir avec l'aide la commande setwd.

Sauvegarder le graphique au format jpeg avec la commande jpeg()

# Même usage que pour pdf() ou png()

2- Gérer les couleurs sous R

Lorsqu'on veut colorer une courbe, un point, un diagramme, il y a plusieurs manières de formuler le code couleur :

Couleurs pré-enregistrées
- col = 1 <=> noir
- col = 2 <=> rouge
- col = 3 <=> vert
- etc.

pie(100, col=2) # col=2 permet d'accéder à une couleur pré-enregistrée, ici le rouge - la fonction pie est utilisée ici à titre d'exemple

Couleur au format html hexadécimal

pie(100, col="#F7D358") # chaque paire de lettres correspond à une composante (rouge, vert ou bleu)

# pour choisir sa couleur au format html

Couleur avec gestion de la transparence

couleur =rgb(red=(245/255), green=(169/255), blue=(169/255), alpha=0.8) # l'alpha traduit la transparence

plot(100,200,pch=16,cex=3)

polygon(x=c(50,150,150,50),y=c(0,0,300,300),col=couleur)

Couleur transparente avec code hexadécimal

# Il suffit d'ajouter une paire de lettre au code

plot(100,200,pch=16,cex=3)

polygon(x=c(50,150,150,50),y=c(0,0,300,300),col="#F7FF58CC")

Couleurs prédéfinies par des palettes

x = rnorm(20,4)*2 ; y=rnorm(20,3*2,1)

barplot(x,col=terrain.colors(y, alpha = 1))

# Pour utiliser les palettes disponibles : liens externe 1et lien externe 2

# Ou encore la fonction rainbow pour capter dans la palette de l'arc-en-ciel

rainbow(12) # génére 12 couleurs

pie(rep(1, 12), col = rainbow(12))

data(swiss) ; plot(swiss[,1:2],col=rainbow(30)[as.factor(swiss[,4])],pch=16,cex=2)

data(swiss) ; plot(swiss[,1:2],col=heat.colors(30)[as.factor(swiss[,4])],pch=16,cex=2)

data(swiss) ; plot(swiss[,1:2],col=terrain.colors(30)[as.factor(swiss[,4])],pch=16,cex=2)

data(swiss) ; plot(swiss[,1:2],col=colorRampPalette(c("red","black"))(10)[as.factor(swiss[,4])],pch=16,cex=2)

Couleurs définie par sa palette personnelle

voir la commande colorRampPalette

colorRampPalett(c("green","orange","red"))

Ajouter de la transparence à une liste de couleurs - ajouter de l'alpha pour rendre transparent

install.packages("prettyGraphs")

library("prettyGraphs")

colors <- add.alpha(colors,alpha=0.8)

Colorer un graphique avec la palette Viridis adapté aux daltoniens.

# Installer et charger le package viridis

install.packages("viridis")

library(viridis)

# Générer des données aléatoires

x <- rnorm(20) ; y <- rnorm(20) ; z <- rnorm(20)

# Créer une palette de couleurs avec viridis

pal <- viridis(20) # pal : palette de 20 couleurs

# Faire le graphique avec les couleurs correspondant à z

plot(x, y, col = pal[cut(z, breaks = 20)], pch = 16, cex = 2)

#cut() : découpe z en 20 catégories en fonction de sa valeur

La fonction col2rgb() permet de convertir une couleur donnée en un vecteur de trois entiers correspondant aux valeurs RGB (rouge, vert et bleu) de la couleur.

La fonction col2hex() permet quant à elle de convertir une couleur donnée en une chaîne de caractères hexadécimaux correspondant aux valeurs RGB de la couleur.

3- Gérer les marges et axes d'un graphique ou diagramme

- Changer les marges d'un graphique permet d'élargir la place nécessaire aux annotations des axes.

Afficher les marges d'un graphique :
- Restitue les valeurs sous la forme c(bottom, left, top, right).

par("mar")

Changer les valeurs des marges : les 4 valeurs définit en terme de marge (paramètre mar de la commande par) sont dans l'ordre les marges basse, gauche, haute et droite

plot.new()

#par(mar=c(marge basse, marge gauche, marge haute, marge droite))

par(mar = c(8, 8, 2, 2))

plot(c(1:10)) # Exemple

4- Gérer les fenêtres graphiques

x11() permet de créer une nouvelle fenêtre graphique sans écraser les anciens graphiques.

graphics.off() permet de fermer toutes les fenêtres graphiques

for (i in 1:10) {hist(rnorm(150));x11()}

graphics.off()

De façon équivalente et plus progressive, browser(), permet de faire défiler les graphiques un par un en appuyant sur ENTRÉE.

Si on désire sortir de browser(), il suffit de taper Q dans la console.

for (i in 1:10) {hist(rnorm(150));browser()}

5- La commande text() pour annoter un diagramme

text permet d'ajouter du texte sur un graphique
- x
- y
- adj : permet de signaler si le texte est centré, aligné à gauche, centré verticalement...
- pos
- las