研究公正に関する学術論文

Prevalence of responsible research practices and their potential explanatory factors: a survey among academic researchers in The Netherlands. Gopalakrishna, G., Wicherts, J., Vink, G., Stoop, I., van den Akker, O., ter Riet, G., Bouter, L. MetaArXiv, 2021

Prevalence of questionable research practices, research misconduct and their potential explanatory factors: a survey among academic researchers in The Netherlands. Gopalakrishna, G., ter Riet, G., Cruyff, M.J.L.E., Vink, G., Stoop, I., Wicherts, J., Bouter, L. MetaArXiv, 2021

オランダで実施された大規模な研究公正に関するアンケート結果。匿名を保証することで質の高いデータが得られているようです。対象は自然科学、人文社会学両方で、6800名が回答。最初から協力を拒否した研究機関も。過去3年間で、QRPの経験は半数、研究不正(FFP)は8%とのことで、これまでの調査では一番高い数値です。

Prevalence of Research Fraud among Faculty at Research-Intensive Universities in the USA. Reisig, M. D., Holtfreter, K., Berzofsky, M. Account. Res. 2020.

Digital magic, or the dark arts of the 21st century—how can journals and peer reviewers detect manuscripts and publications from paper mills? Byrne, J.A. and Christopher, J. FEBS Lett., 2020.

Paper Millの問題を懸念していた二人の研究者(一人はFEBS Lett.のEditor)による解説論文。ライフサイエンスの学術誌のEditorは必読でしょう。Paper Millにより作成された論文の特徴、防止策、Editorが気をつけるポイントなどが議論されています。機能未知のヒト遺伝子をピックアップし、ヒトがん細胞の増殖に対する影響のような、決まったフォーマットで検討したかのようなフォーマットになっているものが多いです。こちらにリストがありますが、採択している雑誌は必ずしも捕食学術誌だけではなく、専門領域ではそれなりに認知されている学術誌も含まれています。即ち、Paper Millで生み出された論文は査読をパスするのです。Bik博士による解説、Schneider博士による解説もそれぞれ有用です。

No raw data, no science: another possible source of the reproducibility crisis. Miyakawa, T. Mol. Brain, 13, 24, 2020.

著者がEditor-in-chiefを務めるMol. Brain誌における生データ提供の実態を紹介した記事。生データの確認が必要とされた41論文のうち、リクエストに応じて適切な生データを編集者に報告した論文は1報のみでした。21報はそのまま著者が撤回していることから、別の学術誌への投稿が行われた可能性が高いと考えられています。

Figure Errors, Sloppy Science, and Fraud: Keeping Eyes on Your Data. Corinne L Williams, Arturo Casadevall, Sarah Jackson, J. Clin. Invest., 129, 1805-1807, 2019.

Editors Should Declare Conflicts of Interest. Jaime A Teixeira da Silva, Judit Dobránszki, Radha Holla Bhar, Charles T Mehlman, J. Bioeth. Inq., 16, 279-298, 2019.

WakefieldのLancet誌の論文(アンチワクチンのムーブメントを作り出し、撤回されるまでに時間がかかったために公衆衛生に大きな悪影響を与えた。)のように、採択された経緯が不可解なものについては、Editorに大きな責任があります。大学の主催でNatureの編集長を招いて懇親会が開催されることがありますが、Natureの編集長には利益相反はないのでしょうか。

Slow publishing in the age of "fast-food". Hortal, J., Meyer, C., Bourguet, D., & Dawson, M. N. Front. Biogeography, 11(2), 2019.

研究者が投稿する論文のペースを緩めることが、健全な研究環境の構築につながることを議論しています。学術出版はビジネスでもあるので、研究コミュニティにおける評価の基準が変わらない限りは難しいでしょう。Slow Publishingによる堅実な研究成果のみを評価するような文化をどう醸成するかです。

Scholars’ preferred solutions for research misconduct: results from a survey of faculty members at America’s top 100 research universities. Pratt, T. C., Reisig, M. D., Holtfreter, K., Golladay, K. A. Ethics Behav. 29, 510-513, 2019

Reasons for and time to retraction of genetics articles published between 1970 and 2018. Dal-Ré, R., Ayuso, C. J. Med. Genet. 2019.

COMPare: Qualitative analysis of researchers’ responses to critical correspondence on a cohort of 58 misreported trials. Goldacre, B., Drysdale, H., Marston, C., Mahtani, KR., Dale, A., Milosevic, I., Slade, E., Hartley, P., Heneghan, C. Trials, 20, 124, 2019.

COMPare: a prospective cohort study correcting and monitoring 58 misreported trials in real time. Goldacre, B., Drysdale, H., Dale, A., Milosevic, I., Slade, E., Hartley, P., Marston, C., Powell-Smith, A., Heneghan, C., Mahtani, KR. Trials, 20, 118, 2019.

Fake science and the knowledge crisis: ignorance can be fatal. Hopf, H., Krief, A., Mehta, G., Matlin, SA. Royal Society Open Science, 2019.

Justification and reporting of subgroup analyses were lacking or inadequate in randomized controlled trials. Fan, J., Song, F., Bachmann, MO. J. Clin. Epidemiol. 108, 17-25, 2019.

Reproducible research practices, transparency, and open access data in the biomedical literature, 2015–2017. Wallach, JD, Boyack, KW, Ioannidis, JPA. PLoS Biol. 16, e2006930, 2018.

生命科学分野の研究の再現性および透明性を高めるための取り組みは、近年、ある程度の改善に結びついているが、なお改善の余地があるという解析。

・New classification of research misconduct from the viewpoint of truth, trust, and risk. Kuroki T. Account Res. 25, 404-408, 2018.

ミスコンダクトを、1) Betrayal of the truth、2) Betrayal of trust、3) Risk to safety of health and industrial productsの三つの観点から再定義しています。講演でも紹介されていましたが、再定義によって何が新たに見出されるのかというところで理解が追いつきませんでした。

Reproducible research practices, transparency, and open access data in the biomedical literature, 2015–2017. Wallach JD, Boyack KW, Ioannidis JPA. PLoS Biol. 16, e2006930, 2018

公開されている生命科学論文について、その再現性がどの程度チェックされているか、またデータや解析手法に関する情報、あるいは利益相反がどの程度開示されているかを調査した研究。近年、こうしたインデックスに改善傾向があるものの、さらに健全な方向を目指す余地があることを指摘しています。

Making the Scientific Literature Fail-Safe. Arturo Casadevall, Ferric C Fang, J. Clin. Invest. 128, 4243-4244, 2018.

Scientific Misconduct and Medical Journals. Bauchner H et al. (Editorial), JAMA, 2018

内容は標準的かもしれませんが、ミスコンダクトの疑義をどう取り扱うかを同程度に説明している学術誌は少ないです。「Ultimately, authors, journals, and institutions have an important obligation to ensure the accuracy of the scientific record.」重要な指摘です。学術誌と研究者の所属機関、それぞれの責任が述べられていますが、不正調査という重荷を両機関がどのように取り扱うかは難しい問題であることも浮き彫りになっています。

White paper: statement on conflicts of interest. Bion J. et al., Intensive Care Medicine, 44, 1657-1668, 2018

医学研究における利益相反の実際についての調査研究。具体的な処方箋についても議論されています。

Repeating probability of authors with retracted scientific publications. Kuroki T., and Ukawa A. Accountability in Research, 25, 212-219, 2018

論文を撤回した研究者が再び論文撤回に至る確率を検証、議論しています。ミスコンダクトを起こした研究者の再生の議論がありますが、基本的なデータの一つとして重要な報告です。

Transparency in authors’ contributions and responsibilities to promote integrity in scientific publication. McNutt MK, Bradford M, Drazen JM, Hanson B, Howard B, Jamieson KH, Kiermer V, Marcus E, Pope BP, Schekman R, Swaminathan S, Stang PJ, Verma IM. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2018

Authorshipに関する議論。Schekmanも共著者になっているようです。

Bioscience-scale automated detection of figure element reuse. Acuna DE, Brookes PS, Kording KP. bioRxiv, 2018

オープンアクセスとなっている論文を対象に、ソフトウェアを用いて画像の使い回しを検出しています。明らかな不正と認められる論文も相当数同定されているようですが、現時点ではそれらは公表されていません。

Telling young children they have a reputation for being smart promotes cheating. Zhao L, Heyman GD, Chen L, Lee K. Dev. Sci. 21, e12585, 2017

子どもを対象とした研究ですが、賢いという評判はその子を不正行為に誘導しやすいという結論は興味深いです。研究室を構成する若手の中には同様の動機で評価の高い研究室の名声を維持しているというメカニズムがありそうです。

Ten simple rules for scientific fraud & misconduct. Rougier, N., Timmer J. HAL-Inria, 2017

ミスコンダクトを推奨しているわけではなく、逆説的に解説した論文。Don't try at workの赤字スタンプが押されています。'If you’re tempted (even slightly) to beautify your results, keep in mind that the benefits are probably not worth the risks.'とありますが、我が国では残念ながらリスクは小さいことが残念です。

Use of a Spin Strategy Can Result in Unreliable Research Findings. Okumura, Y. Int. J. Neuropsycopharmacol. 20, 546-547, 2017.

臨床研究におけるSpinの実例の具体的な指摘。

Why Do Scientists Fabricate And Falsify Data? A Matched-Control Analysis Of Papers Containing Problematic Image Duplications. Fanelli, D., Costas, R., Fang, FC, Casadevall, A., Bik, EM. bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/126805, 2017

→Retraction Watchの解説記事

Mentoring for Responsible Research: The Creation of a Curriculum for Faculty to Teach RCR in the Research Environment. (PDF) Plemmons, D. K., and Kalichman, M. W. Sci. Eng. Ethics, doi: 10.1007/s11948-017-9897-z, 2017.

RCR教育の実践に関する論説。Research Ethics Workshop (Syllabus, PDF, 2015)

The Prevalence of Inappropriate Image Duplication in Biomedical Research Publications. Bik, E. M., Casadevall, A. & Fang, F. C., bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/049452(6/7にmBioに掲載されていました。オープンアクセスです。doi: 10.1128/mBio.00809-16, 2016)

スタンフォード大学の研究者は、40の学術誌の20,621の論文から782の不適切な画像の複製事例を見いだしています(論文としては3.8%の比率で発生)。そのうち196の論文では複製は改ざんを伴っていました。過去10年において急激な増加が認められています。調査結果はプレプリントの論文として公開されています。

One in 25 papers contains inappropriately duplicated images, screen find. Retraction Watch, 2016 Retraction Watchによる著者へのインタビュー記事。

Problematic images found in 4% of biomedical papers. Baker, M., Nature, 2016 Natureの記事としても取り上げられています。

コンピュータによる図表作成が普及するにつれて、研究不正が特に画像領域で増加したという可能性は高いように思います。著者が指摘するように他の手法の不正を含めれば不適切な論文の比率はもう少し高くなることが推察されます。こうした実態が十分な量の実例で明らかにされることの意義は大きいです。研究に対する姿勢がラボでしか教育されないというこれまでの状況を考えると、研究不正が常態化した大きな研究室を早期に発見することが特に重要ではないでしょうか。

Use of positive and negative words in scientific PubMed abstracts between 1974 and 2014: retrospective analysis. Vinkers, CH, Tijdink, JK, Otte, WM. BMJ 351:h6467, 2015

Innovativeやgroundbreakingといったpositive wordが学術論文の要旨に登場する頻度が近年急増していることを示す論文です。

Ten Simple Rules for Protecting Research Integrity. Shaw, D., Erren, TC. PLoS Comput. Biol. 11, e1004388, 2015

Research misconduct identified by the US Food and Drug Administration: out of sight, out of mind, out of the peer-reviewed literature. Seife, C. JAMA Intern. Med. 175, 567-577, 2015.

‘Predatory’ open access: a longitudinal study of article volumes and market characteristics. Shen C, Björk BC. BMC Med. 13, 230, 2015.

2014年には、8,000の捕食学術誌が年間420,000の論文を公開し、それは全体の論文数の1/5近くに達するという分析。

The Matthew effect in empirical data. Perc M. J. R. Soc. Interface, 11, 20140378, 2014.

Deep impact: unintended consequences of journal rank. Brembs B., Button K., Munafo M. Front. Hum. Neurosci., 7. 291, 2013.

Decline Effectの実例。有名誌で掲載された驚くような発見は、経時的にその差が小さくなる方向に修正されていくことがある(即ち、最初の「面白い」報告は偽陽性を見ているだけかもしれないという含意があります)。

Digital Images Are Data: And Should Be Treated as Such. Cromey, D. W. Methods Mol. Biol. 931, 1-27, 2013.

Why has the number of scientific retractions increased? Steen, R. G., Casadevall, A.m Fang, F. C., PLOS One, 8, e68397, 2013.

Why most biomedical findings echoed by newspapers turn out to be false: the case of attention deficit hyperactivity disorder. Gonon F., Konsman JP., Cohen D., Boraud T. PLoS One, 7, e44275, 2012.

ADHD研究を例にいわゆるHypeの横行を指摘した論文。

Misconduct accounts for the majority of retracted scientific publications. Fang, F. C., Steen, R. G., and Casadevall, A., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, 17028-17033, 2012.

A comprehensive survey of retracted articles from the scholarly literature. Grieneisen, M. L., Zhang, M. PLOS One, 7, e44118, 2012

How Many Scientists Fabricate and Falsify Research? A Systematic Review and Meta-Analysis of Survey Data. Fanelli, D. PLoS ONE, 4, e5738, 2009.

The top-ten in journal impact factor manipulation. Falagas M., Alexiou V.G., Arch. Immunol. Ther. Exp. 56, 223-226, 2008.

Association of the DRD2 gene Taq1A polymorphism and alcoholism: a meta-analysis of case-control studies and evidence of publication bias. Munafò MR, Matheson IJ, Flint J. Mol Psychiatry 12, 454-461, 2007.

Fostering Integrity in Research: Definitions, Current Knowledge, and Future Directions. (PDF) Steneck, N. H. Sci. Eng. Ethics 12, 53-74, 2006.

研究公正における重要な概念を提示、整理した重要な論文です。

The impact factor games. The PLoS Medicine Editors, PLoS Med., 3, e291, 2006

What’s in a picture? The temptation of image manipulation. Rossner, M. & Yamada, K. M. J. Cell Biol. 166, 11-15, 2004

J. Cell Biol.誌は早くから生命科学分野における画像不正問題に警鐘をならしており、独自のガイドラインは今ではたくさんの雑誌の準拠するところとなっています。Instructions for Authors (J. Cell Biol.)