АК - перевертыши

аминокислоты - перевертыши

Перевертыш Вики классикой мне стал, длинно говорить я про это перестал!

Соберём триплеты "кучками" так, например (исправьте ошибки - давно это было, когда все названья "на память" зубрил, что было - то сплыло, лишь облачко смысла, а все остальное напрочь забыл, простите ...),

Gly

Ala

Val

Leu

Ile

Pro

Phe

Tyr

Trp

Ser

Thr

Asp

Glu

Asn

Gln

Cys

Met

His

Lys

Arg

================================

STO (стоп-кодон)

STR (старт-кодон, инициирующий, уже не помню, кажется перед ним должен вроде полиА стоять, но это неважно)

оксипролин

http://flofa.org.ua/t01.htm

Перечень аминокислот

Мой вариант сходства аминокислот:

Т.к. не все связи равнозначные, они помечены точками. Чем меньше точек, тем более сходны две аминокислоты, соединенные связью.

Я рассматривала только внешние отличия аминокислот, их размеры, наличие серы или азота, кольца в структуре и т.д. Этот вариант неполный, потому что не учитывает гидрофобность и т.д. Предлагаю, при высчитывании разницы между двумя аминокислотами прибавлять еще как минимум 4 единицы, если они из разных групп (зеленые - гидрофобные, голубые - полярные, фиолетовые - заряженные).

Вот что у меня получилось после количественной оценки сходства всех аминокислот-перевертышей.

Как видно, группы (цвет) аминокислот вообще почти никогда не сходятся. Балы для каждой пары приведены в пятом столбце - просто число. И если за максимум несходства брать 13 ("расстояние" между глицином и аргинином), то большая часть пар имеет "рейтинг" выше 6, то есть они скорее непохожи, чем похожи. Даже циферка у меня получилась - 0,36. Каждая пара похожа друг на друга в среднем на 36%.